В миру Іона, рано залишився сиротою і був усиновлений однією благочестивою вдовою, що жила в Новгороді. Вона піклувалась про виховання хлопчика і віддала його школу. Блаженний Михаїл Клопський, зустрів одного разу Іоанна на вулиці і передбачив, що він буде архієпископом Новгородським. Іоанн прийняв постриг в Отенській пустині, що знаходилась в 50-ти верстах від міста. Був ігуменом цієї обителі звідки новгородці в 1458 році обрали його на архієпископа, після смерті святого Євфимія. Відомо, що Києво-Московський митрополит Іона ( 1449-1461 рр.) був другом новгородського святителя і хотів бачити його своїм преємником.
