Народився в Трапезунді, в благочестивій християнській родині і названий був Авраамій. Рано осиротів і став виховувався в однієї благочестивої черниці, наслідуючи її у навичках чернече життя, пості та молитві. Подальшу свою освіту святий продовжив у Візантії. Досконало вивчивши різні науки, він став наставником юнацтва. Після знайомства з преподобним Михаїлом Малеіном, знехтувавши всю мирську суєту, святий віддалився в Кімінський монастир в Малій Азії, де прийняв чернечий постриг з ім’ям Афанасій. В обителі преподобний Афанасій з ретельністю виконував монастирські послухи, а у вільний час займався переписуванням Священних Книг. Відомо, що він переписав Четвероєвангеліє і Апостол.
Тривалими постами, бдінням, колінопреклонінням, виснажливими трудами преподобний Афанасій досяг такого досконалості, що в 960 р. з благословення ігумена оселився для пустинножительства на Святій горі Афон. Підступний диявол, бажаючи вигнати його звідси, боровся зі святим безперестанними помислами піти з місця подвигів. Але преподобний Афанасій перемагав підступи ворога молитвою, під час якої отримав дар зворушливих сліз.
Через певний час преподобний заснував на Афоні гуртожитній монастир з суворим уставом, де і був ігуменом. Слава про обитель та її ігумена-подвижника поширилася всюди, так що навіть ігумени багатьох монастирів і архієреї бажали бути простими ченцями в лаврі преподобного Афанасія.
За своє святе житіє преподобний Афанасій удостоївся від Господа дару прозорливості і чудотворення: знаменням хреста він зціляв хворих і виганяв нечистих духів. Сама Пречиста Богородиця благоволила до святого і кілька разів являлась преподобному, обіцяючи великій лаврі свою невичерпну допомогу і захист.
Передбачивши свою кончину, преподобний просив братію не спокушатися про те, що станеться. Виклавши братії останнє повчання і помолившись, він вийшов разом з іншими шістьма братами на верх храму оглянути будівництво. Раптом невідомим зволенням Божим верх храму обрушився, і преподобний з братами були завалені камінням і там віддали свої душі в руки Божі. Кончина святого стала в 1000-1001 рр..
Тіло преподобного Афанасія, пролежавши непохованим три дні, не змінилося, не набрякло і не потемніло. А під час похоронних співів з рани, яка була на нозі, всупереч природі, витекла звідти кров. Деякі старці збирали цю кров в рушники, і багато через неї отримували зцілення від своїх хвороб.
