San Gregorio nacque nel 559 a Preterium, vicino ad Agregento, in Sicilia, sotto l'imperatore Giustiniano. Quando aveva diciotto anni, si recò in pellegrinaggio in Terra Santa dove fu ordinato diacono da Makario, il Patriarca di Gerusalemme. Partì poi per Antiochia, da dove nel 589, raggiunse Bisanzio e Roma. A Roma nel 590 fu ordinato vescovo di Agrigento. Nella città siciliana divenne illustre per la sua carità e per la sua virtù, tanto da suscitare l'ra dei pagani.
