В октябре 1552 года русские покорили Казань и маленький мурза был привезен в Москву вместе с некоторыми другими знатными казанскими татарами. Здесь он принял крещение, получив имя Сергий. Детство он провел в доме своего родственника, боярина Захарии Плещеева, который познакомил Сергия с Православной верой.
"Земная слава и богатства не прельщали его, падение родины говорило ему о тленности всего земного," и молодой Сергий отправился странствовать по святым местам России. В 1565 году, спустя четыре года от начала своих скитаний, он оказался в на Кожем озере. Здесь под духовным руководством одинокого пустынника преподобного Нифонта, Сергий нашел желанный душевный покой.
По усиленной просьбе святого Сергия инок Нифонт постриг его в монашество с именем Серапион. К подвижникам вскоре стали собираться другие ревнители о духовном совершенстве и так составилась братия Кожеезерского монастыря.
Видя умножение братии, Нифонт, поручив ее Серапиону, отправился в Москву ходатайствовать об устроении обители, но едва пришел туда, как скончался и был погребен в одной из ее обителей. Тем временем в Кожеезерском монастыре начался голод. И тогда кормить братию стал преподобный Серапион. Не раз он отправлялся по местным деревням за сбором подаяния. Однажды ему где-то подарили ручные каменные жернова, которые он сам на своих плечах принес в обитель. "Трудолюбезным и братолюбным своим житием" преподобный Серапион спас от голодной смерти насельников Кожеезерской обители.
Немного позднее, в 1584 году, преподобному Серапиону пришлось самому совершить путешествие в Москву с просьбой об устроении обители и пожаловании ей земли. В следующем году он испросил у царя Феодора Иоанновича грамоту на землю для обители. После возвращения в обитель преподобный Серапион вместе с собравшимися иноками расчистил для пашни лес и соорудил два храма: в честь Святого Богоявления и во имя святителя Николая. Патриарх Иов дал преподобному Серапиону святые антиминсы.
Однако, став строителем Кожеезерского монастыря, преподобный Серапион уклонялся от начальствования и будучи действительным управителем честь власти передавал другим. Он поставил вместо себя игуменом своего ученика Антония, в схиме - Авраамия.
В 1608 году, когда преподобный Серапион пришел в глубокую старость, он отошел от дел монастыря и почти не нарушал строгого уединения. Скончался он 27 июня 1611 года. На местом его погребения была поставлена часовня, а затем - Иоанно-Предтеченский храм Кожеезерской обители.
В 1613 году постриженик Кожеезерского монастыря инок Боголеп написал сказание об основании монастыря и о его первом строителе преподобном Серапионе. Он же составил и житие преподобного Серапиона.
