Память 11 октября, в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
Родился 14 мая 1873 года в семье диакона города Верхний Ломов Пензенской губернии.
Окончил Пензенскую духовную семинарию.
7 октября 1891 года был определен на псаломщицкое место к соборной церкви города Нижний Ломов.
С 18 октября 1895 года состоял учителем Нижне-Ломовской воскресной школы.
25 мая 1896 года рукоположен во диакона к Рождественской церкви села Суркино Наровчатовского уезда.
10 сентября 1896 года был назначен на диаконско-учительское место Рождественскую церковь.
11 июня 1897 года был перемещен в село Большой Азяс Краснослободского уезда.
23 августа 1901 года назначен экономом Краснослободского духовного училища.
2 марта 1904 года был назначен диаконом села Оброчное Краснослободского уезда.
В марте 1904 года назначен экономом Тихоновского духовного училища города Пензы.
10 июня 1909 года назначен экономом Пензенской духовной семинарии.
30 октября 1916 года рукоположен в сан священника. Будучи вдовцом, стал целибатным священником.
В ноябре того же года его перевели на должность эконома Казанской духовной академии.
Февральский и октябрьский перевороты о. Филарет воспринял, как ужасные и несправедливые события, однако всецело положился на волю Божию и продолжил свое духовное служение вопреки неизбежно надвигающемуся террору.
23 мая 1918 года был единогласно избран в члены-сотрудники Московского Археологического института (бывший Императорский Московский институт им. Императора Николая II).
10 октября 1918 года, председателем ЧК по борьбе с контрреволюцией на чехословацком фронте Лацисом был подписан ордер на обыск и арест священника Филарета Великанова, а 11 октября отцу Филарету уже предъявили показания двадцатиоднолетнего Кузьмина, "коммуниста отряда ЧК", и Тимофея П., "взводного отряда ЧК", которые во время белочешского мятежа будто бы были опознаны Великановым, когда тот — вооруженный (!)— ходил по Академической слободке и требовал расстрела прятавшихся коммунистов. Свидетельство Кузьмина (до работы в ЧК служившего денщиком у генерала Воронова) могла якобы подтвердить одна женщина, но ее "не оказалось в городе", показания же другого "свидетеля" и вовсе были опровергнуты его земляком (тем, что приютил скрывавшегося чекиста), заявившим, что во время осмотра квартир академических служащих Великанов не только не был вооружен, но и никому ни арестом, ни расстрелом не угрожал.
Находился в заключении в Казанском доме Набокова по ул. Гоголя, где помещалась ЧК. В подвалах "Набоковки" проходили расстрелы заключенных.
Чудом уцелело предсмертное письмо о.Филарета ректору академии епископу Анатолию. В нем выражена внутренняя борьба чувства усталости и растерянности от допросов и издевательств с чувством пастырского достоинства и христианского смирения, смирения до самоуничижения. В его строках и сокрушение о жизни, и покаяние о прегрешениях, содеянных в ведении и неведении, и скорбь о больной матери, которую просто убьет известие о расстреле сына, и недоумение по поводу предъявленных обвинений, и величие духа одного из тех тысяч священномучеников, что в страшный век всеобщей апостасии явили нам подвиг свидетельства о Христе.
22 октября 1918 года был приговорен к расстрелу по обвинению в "участии в контрреволюционной авантюре чехословаков".
Был расстрелян 24 октября 1918 года в Казани.
31 октября в журнале собрания Казанской духовной академии появилась следующая запись: "перед началом заседания Преосвященный Ректор Академии сообщил о внезапной кончине эконома Академии, священника Филарета Иоанновича Великанова".
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских Архиерейским Собором Русской Православной Церкви в августе 2000 для общецерковного почитания.
