В миру Фока, родился около 1300 года в Фессалониках от матери, по происхождению еврейки. Получил прекрасное образование благодаря Фоме Магистру, которому он прислуживал. Фока очень рано принял монашество и переехал на святую гору Синай. Оттуда он пришел на «священный Афон, суще позлащенный и любезнейший, и был с радостью приемлем добре жившими во всех его жилищах и вселился там», согласно словам его биографа.
Вначале подвизался в монастыре Ватопед, где познакомился и встретился со св. Саввой Христа ради юродивым, которому впоследствии написал житие. Затем жил в монастыре Великая Лавра. Как монах лавры он встретился со свт. Григорием Паламой, которому также впоследствии составил прекрасное биографическое описание, и подписал Святогорский Томос 1339 года. В 1342 году он воспринял игуменство после игумена Макария, который был избран митрополитом Фессалоникским.
В отношении вопроса об исихазме он разделял сторону свт. Григория Паламы и резко выступал против учения Варлаама Калабрийского. В 1346 году он написал два слова о Фаворском Свете и против Акиндина.
С окончанием гражданской войны 1341 - 1347 годов был избран митрополитом Ираклийским с титулом «Председатель осыпаемых почестями», данным патриархом Исидором. В 1349 году он рукоположил св. Каллиста I Агиорита в патриархи. Он принял участие на Соборе 1351 года, посвященному воспросам исихазма, указывая на важную роль свт. Григория Паламы, и он же составил Томос Собора.
После ухода из Константинополя патр. Каллиста в сентябре 1353 года был возведен на его место. Пребывал на патриаршем Вселенском престоле дважды: 1353-1354 и 1364-76 годах.
Первый срок патриаршества прервался в ноябре 1354 года, в связи с отречением от власти Иоанна VI Кантакузина и вступлением на императорский престол Иоанна Палеолога, бояться которого у Филофея Коккина были политические причины. Филофею пришлось оставить патриарший престол и удалиться на Афон. Однако тот же Иоанн Палеолог через некоторое время, после смерти Каллиста, вновь призвал Филофея Коккина на патриарший престол.
В 1368 году соборно была признана святость свт. Григория Паламы и было определено совершать его память на второй Неделе Великого поста, ему была составлена служба, был окончательно решен вопрос об исихазме и были осуждены антипаламиты. Патриаршество свт. Филофея было ознаменовано важными пастырскими деяниями. Были написаны знаменитые творения и велась обширная каноническая деятельность. Велась смелая деятельность для предотвращения нашествия турок и латинской пропаганды, при этом подчеркивалось и единство православных. Римский папа Урбан V отверг предложение святителя Филофея созвать Вселенский собор для восстановления единства церквей. Патриарх Филофей энергично защищал Православие, развивал отношения с другими патриархатами, оказывал помощь славянским Церквам, сумел ослабить и нейтрализовать прозелитические устремления латинян и почитается как национальный и церковный герой.
В 1376 году патриарх Филофей ушел на покой по причине глубокой старости. Скончался в 1379 году. По другим данным, согласно материалам "Богословско–церковного словаря", Филофей Коккин вместе с имп. Иоанном V Палеологом в 1376 году был свергнут в результате прогенуэзского переворота Андроника IV и год спустя умер в заточении.
Патриарх Филофей был похоронен с царскими почестями в монастыре Христа Непостижимого (τοῦ ᾿Ακαταλήπτου). Его могила прославилась чудесами. Рано он стал почитаться как святой и была написана его икона в храме монастыря Расава в Сербии жителями из его Отечества, из Фессалоник. В главном храме святой Горы Афон написано его изображение в ряду между гимнографами. В конце XVIII века анонимный монах из монастыря Филофей написал его прекрасное житие и песненное последование для богослужения. На Афоне имеются три кодекса с житием и богослужебным последованием свт. Филофею. Самое новое было составлено монахом Герасимом Микраяннанитом.
Сочинения
Свт. Филофей, благодаря своей большой образованности, написал многочисленные труды. Многие из его трудов можно разделись на догматические и опровержительные-полемические, против Никифора Григоры, Акиндина, Варлаама и Михаила Петриоти. Написал описания жизни святых, главным образом - святогорских, таких как свт. Григорий Палама, Герман Марули, Исидор Вухерас и Савва Ватопедский, а также и Никодим Новый, он также написал о св. Анисии, св. вмч. Димитрие Мироточивом, святых Апостолах, Трех Святителях, прп. Онуфрии, св. Февронии, св. Фоке, свт. Ианна Златоусте, вмч. Феодоре Тироне, св. апостоле Фоме и др. В конечном итоге его труды представляют собой — беседы (гомилии), толкования, литургические тексты, труды по праву, истории, поэзия, молитвы и другие.
Он был глубоким богословом, удивительным писателем синаксариев, в особенности на жития современных отцов-святогорцев, жизнь которых представлена в качестве примера для монашествовавших вместе с ним в то время. Как песнотворец-гимнограф он писал песнопения глубокого содержания и в изысканном, утонченном стиле, представляя высочайшие догматические понятия, соревнуясь с подобными ему древними гимнографами.
Молитвословия
Тропарь, глас 4
Вели́кий защи́титель ве́рных показа́лся еси́./ Твою́ боже́ственную па́мять почти́м,/ патриа́рхов изря́дная похвало́,/ священноявле́нне треблаже́нне Филофе́е,/ Варлаа́мову пре́лесь вои́стину посече́,/ и Акинди́на хитросплете́ния ниспрове́рже,/ те́мже всему́дре,/ моли́ Христа́ Бо́га,// дарова́ти на́м ве́лию ми́лость.
Кондак
Све́ту трисо́лнечному осия́вшу тя́ богому́дре,/ богосло́в бы́сть пребоже́ственныя Тро́ицы,/ сло́вом вы́шния прему́дрости обогати́вшеся,/ излива́л еси́ отону́ду богому́дрия струи́,/ от ни́хже пию́щия зове́мъ ти́,// ра́дуйся треблаже́нне Филофе́е всему́дре.