Священномученик Иоанн родился 26 октября 1887 года в Санкт-Петербурге. Отец его, Георгий Георгиевич Стеблин-Каменский, был директором канцелярии Морского Министерства, а в последние годы перед революцией – сенатором по департаментам геральдики и судебному Правительствующего Сената. Кроме того он был председателем Российского общества морского права. Дед Ивана, Георгий Павлович Стеблин-Каменский, в последние годы своей жизни был Виленским губернатором в чине тайного советника. В это время он приобрел имение Биюцишки в Виленском уезде, где прошло детство Ивана. Здесь в имении была погребена его мать, Ольга Александровна, дочь вице-адмирала Александра Павловича Жандра, умершая 17 августа 1902 года.
Первоначальное образование Иван получил дома. Ольга Александровна оказала огромное влияние на него и на двух его сестер, Ольгу и Елизавету, – это были благочестивые девицы строгой и праведной жизни; они умерли в 1981 году в городе Кашин Тверской области.
Приняв решение стать священником, всецело вручив себя воле Господней, он поехал на могилу матери в принадлежавшее им когда-то имение неподалеку от Вильны. Прикладываясь к земле, он почувствовал, что в душу нисходят мир и покой, и ему сделалось тепло, как в детстве, как будто ощутилось, что мать снова благословляет его. По возвращении в Петроград Иван Георгиевич был в 1920 году рукоположен в сан диакона
В 1921 году отец Иоанн был впервые арестован ЧК, но после непродолжительного заключения освобожден. Летом 1923 года он был рукоположен в сан священника ко храму Святой Троицы на Стремянной улице; вскоре он был назначен настоятелем этого храма и возведен в сан протоиерея. Новое служение целиком захватило его. Пастве он отдавал все свое время и силы.
2 февраля 1924 года власти арестовали священника. В это время началось массовое возвращение храмов из обновленчества в патриаршую Церковь. Активизировалась жизнь приходов, и организовывались братства. Чтобы положить этому конец, ОГПУ стало все сильнее вмешиваться в церковную жизнь, в Петрограде было арестовано около сорока человек духовенства и мирян. Отца Иоанна обвинили в том, что он объединил вокруг себя православных и они стали собираться не только в храме, но и в квартирах, где читались акафисты, Священное Писание и священник объяснял одну или две главы из апостольских посланий. Вызванный на допрос, отец Иоанн сказал, что служил в квартирах некоторых своих прихожан молебны, после которых гости пили чай, а ожидая пока подадут, вели беседы на религиозные темы. Этого для властей оказалось достаточно: 26 сентября 1924 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило отца Иоанна к трем годам заключения в Соловецкий концлагерь. Всего к заключению в концлагерь было приговорено тридцать пять человек – духовенства и мирян.
В Соловецком концлагере отец Иоанн держался независимо, всегда ходил в священнической одежде и посещал церковные службы, доколе это позволялось; они были большим утешением в суровых условиях лагерной жизни.
К концу срока заключения становилось все очевиднее, что власти не разрешат отцу Иоанну жить в Петрограде и духовным детям придется смириться с продолжением разлуки. Так и случилось: его отправили в административную ссылку в город Воронеж, куда он прибыл в ноябре 1927 года. Здесь он получил место священника в Алексеевской церкви бывшего Девичьего монастыря, а через некоторое время был назначен ее настоятелем и одним из благочинных епархии. Благодаря его усилиям и активной поддержке, воронежскими прихожанами постоянно собирались и пересылались средства в Соловецкий концлагерь Воронежскому архиепископу Петру (Звереву) и другим находящимся в заключении православным. Одна из свидетельниц на следствии позже показывала об отце Иоанне: “Священник Иван Георгиевич Стеблин-Каменский, проживая в рабочем поселке, среди верующих пользовался громадным авторитетом, поэтому у него всегда на квартире и вообще, где он бывал, собиралось много верующих. Все бывшие "зверевцы" группировались около священника Каменского”.
19 мая 1929 года отец Иоанн был снова арестован. 16 августа 1929 года постановлением Особого Совещания при Коллегии ОГПУ отец Иоанн был приговорен к заключению в Соловецкий концлагерь сроком на три года.
Вместе с отцом Иоанном был арестован архимандрит Тихон.
