Память 30 июня и в Соборе Сибирских святых
Родился 2 августа 1806 года в Железно-Томском заводе Барнаульского округа Томской губернии в семье священника.
В 1824 году окончил Тобольскую духовную семинарию.
В сане священника служил при Петропавловском соборе в Барнауле.
В 1827 году по собственной просьбе переведен в Курган, где познакомился с ссыльными декабристами.
В 1836 году определен священником кафедрального собора Тобольской духовной консистории.
В 1839 году возведен в сан протоиерея и переведен в Ялуторовск.
В 1842 году им совместно с декабристом И.Д. Якушкиным на пожертвования купца Медведева и других лиц было открыто бесплатное ланкастерское (по методу взаимного обучения) училище для мальчиков. В нем преподавались: катехизис, священная история, чтение на славянских языках, русская и латинская грамматика, география, арифметика и чистописание, а желающие поступить в духовные училища знакомились также с основами латинского и греческого языков. В 1845 году в память о своей жене 3наменский открыл ланкастерское училище для девочек.
В декабре 1853 года был переведен в Омск (по ходатайству генерал-губернатора Западной Сибири Г.X. Гасфорда), где до 1868 года исполнял обязанности настоятеля Омского Воскресенского собора.
В 1854 году открыл в Омске женскую ланкастерскую школу, которая позднее была преобразована в первую женскую гимназию. При Воскресенском соборе стараниями отца Стефана была создана одна из лучших в Сибирских духовных библиотек.
В течение более чем 50-летней службы о. Стефан был благочинным городских и сельских церквей, состоял первоприсутствующим духовных правлений в различных городах, служил членом духовных консисторий, был экономом Тобольской духовной семинарии и законоучителем в светских учебных заведениях.
Был лично знаком со многими известными людьми своего времени, вел с ними переписку. Наиболее близкие отношения поддерживал с М.А. и Н.Д. Фонвизиными. Об о. Стефане много добрых воспоминаний оставили декабристы Е.П. Оболенский, И.И. Пущин и др. Дружеские отношения связывали его с крупнейшим церковным историком, краеведом и агиографом Сибири прот. А.И. Сулоцким, благодаря биографическому очерку которого сохранилось большинство сведений о прот. Стефане. В омский период жизни прот. С. Знаменский общался с Ф.М. Достоевским. По предположению М.М. Громыко, идеи прот. С.Я. Знаменского оказали существенное влияние на формирование взглядов великого русского писателя, а некоторые черты личности омского пастыря отражены в образе архиерея Тихона в романе «Бесы».
Прот. С. Знаменский оставил после себя значительное рукописное наследие, заслуживающее серьезного изучения. Вел подвижническую жизнь. Многие прихожане с благодарностью вспоминали его как своего благодетеля, хотя ввиду совершенной нестяжательности, а также частых перемещений по службе о. Стефану и его многодетной семье порой приходилось терпеть нужду и лишения. В Омске он не имел даже собственного дома, семья жила в казенном помещении.
С 1866 года состоял в комитете по народному образованию от православного духовенства, входил в правление Омского духовного училища.
В 1868 году он вышел на пенсию и занялся садоводством.
В 1876 о. Стефан тяжело заболел.
Скончался 2 апреля 1877 года в Омске. Отпевание пастыря проходило 6 апреля в Воскресенском соборе, где он прослужил в сане протоиерея 23 года. Священник был погребен на городском Шепелевском кладбище. Первоначально на могиле (которая в советское время была осквернена и стерта с лица земли) стоял простой металлический крест, а к началу XX века усердием верующих омичей был сооружен памятник в виде часовни. В 1930-е годы кладбище было уничтожено, теперь там пожарная каланча и улица 5-й Армии.
10 июня 1984 года был причислен к лику Сибирских святых.
