Родился 4 января 1875 года в семье пономаря Черниговской епархии.
В 1897 году окончил Черниговскую духовную семинарию и был направлен служить псаломщиком в храм в селе Мостовое Кубанской области.
28 февраля 1898 года был рукоположен во диакона ко храму пророка Божия Илии в станице Незамаевская Ейского отдела Кубанской области.
19 мая того же года был рукоположен во священника к церкви хутора Кугоейского той же области и назначен заведующим и законоучителем церковноприходской школы хутора. С 1898 по 1903 год он заведовал открытой им вечерней школой для взрослых и учительствовал в ней.
6 июня 1903 года переведен служить в Богородице-Рождественский храм в селе Винодельное Ставропольской губернии и назначен законоучителем двух училищ Министерства народного просвещения и церковноприходской школы.
В 1905 году съездом духовенства 6-го благочиннического округа Ставропольской губернии он был избран депутатом на епархиальные и окружные съезды и эту должность исполнял до 1908 года.
В 1908 году стал служить в церкви Сошествия Святаго Духа в станице Шкуринская и был назначен заведующим и законоучителем церковноприходской школы станицы и законоучителем двух училищ Министерства народного просвещения.
17 августа 1916 года возвратился служить в храм пророка Божия Илии в станице Незамаевская и 30 сентября того же года был назначен настоятелем этого храма.
После прихода безбожников к власти началась гражданская война и станицы Кубанской области по нескольку раз стали переходить то к Белой, то к Красной армии.
В конце Страстной седмицы 1918 года станица Незамаевская была захвачена большевиками. В Великую Субботу, 4 мая 1918 года, в храм, где совершалось богослужение, ворвался отряд красноармейцев и отец Иоанн был арестован и выведен большевиками на площадь перед храмом. Убийцы с бранью набросились на священника. Отца Иоанна жестоко избили, изуродовали ему лицо и, окровавленного и едва живого, вытащили за околицу и здесь зверски убили, запретив жителям станицы его хоронить. По другим сведениям - священника закопали живым в навозной яме.
Погребен на Всехсвятском кладбище Краснодара.
В августа 2000 года на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания.
Память 21 апреля и в Соборе новомучеников и исповедников Российских.
Тропарь священномученику Иоанну Пригоровскому
глас 3
Церкве Русския столпе непоколебимый, /
благочестия правило, /
жития евангельского образе, /
священномучениче Иоанне,/
Христа ради пострадавый даже до крове, /
Егоже моли усердно, /
яко Начальника и Совершителя спасения, /
Русь Святую утверди в Православии // до скончания века.
Кондак священномученику Иоанну Пригоровскому
глас 2
Восхвалим, вернии, /
изрядного во священницех /
и славнаго в мученицех Иоанна, /
Православия поборника и благочестия ревнителя, /
земли Русския красное прозябение, /
иже страданием Небес достиже /
и тамо тепле молит Христа Бога //
спастися душам нашим.
Величание священномученику Иоанну Пригоровскому
Величаем тя,/
священномучениче Иоанне,/
и чтим честная страдания твоя,/
яже за Христа /
во утверждение на Руси Православия // претерпел еси.
