Родился 30 января 1873 года в деревне Дуброво Тиостянской волости Городокского уезда Витебской губернии в семье белорусского крестьянина.
По окончании Витебского духовного училища поступил в Витебскую духовную семинарию, которую окончил в 1894 году.
Для продолжения духовного образования ему нужно было выйти из крестьянского сословия. 10 июня 1894 года в волостном правлении состоялось собрание крестьян Щелбовского общества, которое постановило выдать ему увольнительное свидетельство. В свою очередь он дал подписку в том, что по прибытии в Московскую духовную академию не откажется "от вступления в нее, а по окончании академического курса - от вступления на духовно-училищную службу". В том же году был принят магистрантом LIII курса в Московскую духовную академию, которую окончил в 1898 году со званием кандидата богословия. В это же время написал научный труд "Пресуществление Святых Даров в таинстве Евхаристии" где дал подробный обзор истории возникновения и распространения термина "пресуществление," а также глубокое богословское исследование святоотеческого учения о таинстве евхаристии.
Поскольку обучался за казенный счет, был обязан за четырехлетнее обучение прослужить шесть лет в духовно-учебном ведомстве, откуда не мог быть уволен без особого разрешения Святейшего Синода.
В 1899 году назначен преподавателем по кафедре сравнительного богословия и истории и обличения русского раскола в Волынскую духовную семинарию. В связи с недостатком средств не мог за свой счет проследовать к месту службы, и поэтому ему были выданы деньги на проезд и жалованье на месяц вперед, за что дал обязательство прослужить еще два года в штате учебно-духовного ведомства. В семинарии пользовался большим уважением как широко просвещенный и глубоко верующий человек. В 1903 году исполнял обязанности инспектора семинарии. В 1906 году был перемещен на кафедру общей и русской истории.
Имел чин статского советника, избирался делегатом от мирян Волынской епархии на Поместный Собор Российской Православной Церкви 1917-1918 годов.
В 1919 году семинария была закрыта пришедшими к власти большевиками, и он был приглашен в качестве преподавателя в Житомирское училище пастырства, но в ноябре 1922 года оно также было закрыто.
Мечтая о принятии сана и церковном служении у себя на родине в мае 1923 года выехал в Дуброво, но там выяснилось, что все священнические вакансии в ближайших приходах заняты, и он вернулся в Житомир.
4 августа 1924 года был рукоположен во священника к Иаковлевской церкви в Житомире и вскоре возведен в сан протоиерея.
В 1926 году стало известно, что священник храма Рождества Пресвятой Богородицы в селе Тиосто, в двух верстах от Дуброва, отказался от служения Церкви, и отец Василий в ноябре того года вернулся на родину, где по избранию прихожан был назначен настоятелем этой церкви. Жил вместе с супругой Марией и престарелым отцом в Дуброве, а служил в Тиосто. Поскольку селения были разделены озером, вечерни служил дома, а утрени и литургии - в храме.
В июле 1927 года помощник лесничего Степановического лесничества направил донос начальнику 10-го районного отделения милиции:
"...в июне месяце... я... пошел на хутор в деревню Дуброво к Малахову Якову за подводой... по служебным делам. Пришел вечером часов в десять... В доме сидел сын Василий Малахов… В то время когда я только пришел в хату, этот самый поп кончал какую-то речь, я ее не понял, а после этой речи стал говорить другую, что вот, дорогие граждане... у нас настал такой свет, как когда-то был в Америке. Жили там индейцы, владели они озерами, лесами, ловили рыбу... а когда пришли европейцы, то отняли у них все и превратили в своих рабов. Так же и у нас настал такой свет... пришли большевики... отняли у нас все... Факт этот действительный, и не первый и не последний... этот поп является контрреволюционером, которому не только нельзя жить в тайном углу Меженского района... а и в пределах СССР".
Этого доноса и некоторых показаний оказалось достаточно для ареста священника, и 13 декабря 1927 года он был арестован сотрудниками ОГПУ. Обыск в квартире и сообщение, что он арестован, встретил спокойно, заявив:
"Я принял сан священника недавно, но я принял его совершенно сознательно, хорошо понимая, что я этим самым подписал себе ордер ГПУ на право у меня обысков и ареста, а возможно и ссылки".
Одновременно вместе с ним были арестованы и заключены в витебскую тюрьму благочинный, священник и церковный староста одного из ближайших приходов.
В начале февраля 1928 года сотрудники ОГПУ составили обвинительное заключение:
"Принимая недостаточность собранных по делу доказательств для передачи дела в общесудебном порядке, но усматривая их социальную опасность... настоящее дело направить... на внесудебное разбирательство Особого Совещания при Коллегии ОГПУ...".
19 марта 1928 года прокурор в своем заключении написал:
"...несмотря на отсутствие в деле достаточных улик для предания обвиняемых суду... пребывание их... в пограничной полосе, а равно и на свободе вообще, является в настоящее время социально опасным, а посему полагал бы настоящее дело направить в Особое Совещание при Коллегии ОГПУ для внесудебного рассмотрения и заключения... обвиняемых в концлагерь на сроки по усмотрению Особого Совещания".
После шести месяцев заключения в Витебской тюрьме, 18 мая 1928 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило протоиерея Василия Малахова к трем годам ссылки в Сибирь, после чего он два с половиной месяца следовал по этапу в назначенное место ссылки - село Катарбей Тулунского округа. 12 декабря 1930 года срок ссылки закончился в городе Нижнеудинск в Восточной Сибири.
30 мая 1931 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило священника к лишению права проживания в двенадцати крупных городах с областями, а также в Чите и в Омском районе, и после окончания срока ссылки он уехал в село Абрамово Арзамасского района Нижегородской области, где поселился вместе с сопровождавшей его в ссылке супругой. Крестьяне его хорошо приняли, увидев в нем ревностного и просвещенного пастыря, и многие из них стали приходить к нему с вопросами и побеседовать на духовные темы.
Живя в Абрамове, ходил молиться в местную церковь, где сослужил приходскому священнику.
После того, как кончился срок ограничений в месте проживания священник с супругой уехали в местечко Усвяты, расположенное неподалеку от деревни Дуброво.
Вторая ссылка и мученическая кончина
Из Усвят священник с супругой довольно часто ездили в Москву, останавливаясь у родственников. Бывая в Москве, иногда заходил в храм святых мучеников Адриана и Наталии, где настоятелем служил священник, знакомый ему по Волынской духовной семинарии, у него он по благословению Патриархии брал святое миро, чтобы совершать таинство крещения.
8 февраля 1936 года отец Василий также зашел в этот храм, где встретил диакона Михаила Толузакова, который был секретным сотрудником НКВД. Отец Василий немного побеседовал с ним и ушел, но уже на следующий день он и его супруга были арестованы и после первого же допроса заключены в Бутырскую тюрьму в Москве.
25 марта следствие было закончено. Священник и его супруга были обвинены в том, что, будучи враждебно настроены против советской власти, систематически проводили антисоветскую агитацию, организовывали тайные моления и распространяли контрреволюционные провокационные слухи о якобы проводимом гонении на верующих в СССР.
16 апреля 1936 года Особое Совещание при НКВД приговорило их к пяти годам ссылки в Северный край, и они были отправлены сначала в Архангельск, а затем в город Каргополь Архангельской области, где, предполагалось, они пробудут все время ссылки.
Скончался 24 марта 1937 года в городе Каргополе. Погребен в безвестной могиле.
Архиепископ Аверкий (Кедров) писал в 1937 году из Бирской ссылки: "Вчера получил письмо с известием о смерти Малахова Василия Яковлевича, бывшего сослуживца по Семинарии, а затем и у Престола Божия. Умер в Каргополе - было что-то подобное тифу."
Реабилитирован 7 мая 1992 года прокуратурой Витебской области на основании постановления Верховного Совета Республики Беларусь от 6 июня 1991 года.
Причислен к лику Новомучеников и Исповедников Российских определением Священного Синода от 27 декабря 2005 года для общецерковного почитания.
Память 11 марта, в Соборах Волынских святых и Новомучеников и Исповедников Российских.
