Родился 9 января 1872 года в селе Проказна Лунинской волости Мокшанского уезда Пензенской губернии в семье священника Алексия Артоболевского. Односельчанин и младший товарищ В.О. Ключевского.
Окончил духовное училище и Пензенскую Духовную семинарию. В 1891 году, как лучший ученик семинарии, он был послан продолжить образование в Московскую Духовную академию, которую окончил в 1895 году.
Иван Алексеевич, еще будучи студентом, был талантливым проповедником, и одна из его проповедей обратила особенное внимание учившегося тогда же в академии Ивана Васильевича Успенского, впоследствии архиепископа Тверского Фаддея, ревностного подвижника, закончившего жизнь мученически, который записал тогда в своем дневнике, что Артоболевский произнес проповедь о призвании апостолов.
В 1896 году стал помощником секретаря Совета и Правления Московской Духовной академии и преподавателем Священного Писания и еврейского языка в Вифанской Духовной семинарии. В 1899 году он был удостоен звания магистра богословия за работу «Первое путешествие апостола Павла с проповедью Евангелия».
6 июля 1905 года был рукоположен в сан священника ко храму святой равноапостольной Марии Магдалины при московском Императорском коммерческом училище; в храме он сразу был назначен настоятелем, а в училище — законоучителем.
В 1907 году был назначен настоятелем Александро-Невского храма при Усачевском училище.
В 1911 году отец Иоанн получил звание профессора богословия и был назначен заведующим кафедрой богословия при Петровской сельскохозяйственной академии, а также священником домового академического храма святых апостолов Петра и Павла. Церковь стояла на том месте, где сейчас памятник Вильямсу. Ее снесли в середине 1920-х годов. В 1916–1917 годах он читал лекции по богословию студентам Рижского Политехнического института, эвакуированного в это время в Москву.
Был одним из наиболее «прогрессивных» членов Общества любителей духовного просвещения.
В 1917 году епархиальный съезд избрал отца Иоанна членом Поместного Собора от Московской епархии. На Соборе он принимал активное участие в работе отделов богослужения и преподавания богословия в высших учебных заведениях.
После революции, в марте 1918 года, кафедра богословия в Петровской сельскохозяйственной академии была упразднена; отец Иоанн продолжал служить в храме при академии, с марта 1918 года он её настоятель. В 1919 году он был возведен в сан протоиерея.
С лета 1920 г. по февраль 1921 г. - помощник редактора академических изданий Московской Духовной Академии.
В ночь с 16 на 17 августа 1922 года отец Иоанн был арестован и заключен во Внутреннюю тюрьму ГПУ. 18 августа состоялся допрос, и на вопросы следователя священник ответил: «В православном кружке христианской молодежи-студентов бывал около пяти раз в качестве гостя в конце 1921 года и начале 1922 года. Руководителем его я не был. В одно из воскресений Великого поста, перед изъятием ценностей, мною было без всяких комментариев прочитано послание Патриарха Тихона. Считаюсь преданым суду революционного трибунала по обвинению в агитации против советской власти. Сознательно я никогда во время проповедей не касался политических тем, но возможно, что иногда приходилось указывать на тяжелое положение страны, голод и прочее».
Следователь, по-видимому, сказал ему, что за содеянное он может быть выслан за границу, и отец Иоанн написал заявление, что просит разрешить ему добровольный выезд в город Ригу за свой счет.
19 августа следователь составил заключение по делу и написал: «Рассмотрев дело о гражданине Иване Алексеевиче Артоболевском, бывшем профессоре Петровско-Разумовской сельскохозяйственной академии по кафедре богословия, обвиняемого в использовании своего положения священнослужителя с целью контрреволюционной агитации во время проповедей в храме и в частном быту, в организации в Петровской сельскохозяйственной академии кружков христианской молодежи, в руководстве и придании им черносотенного характера, в разлагающей деятельности среди студенчества в виде постоянной антисоветской и антикоммунистической пропаганды, облеченной в религиозную форму, в распространении и чтении в церкви провокационного послания Тихона перед изъятием ценностей, то есть в пассивном сопротивлении изъятию, и в том, что с момента Октябрьского переворота и до настоящего времени он не только не примирился с существующей в России в течение пяти лет рабоче-крестьянской властью, но ни на один момент не прекращал своей антисоветской деятельности, причем в моменты внешних затруднений для РСФСР он свою контрреволюционную деятельность усиливал, — нашел, что всё вышеизложенное материалами, имеющимися в деле, подтверждается. И посему, на основании статьи 2 литер Е положения о ГПУ от 6.02.1922 года, полагаю: в целях пресечения разрушительной антисоветской деятельности гражданина Артоболевского Ивана Алексеевича, выслать его из пределов РСФСР за границу, но принимая во внимание его заявление с просьбой о разрешении добровольного выезда за свой счет — из-под стражи освободить, обязав его подпиской о выезде за границу в семидневный срок».
21 августа 1922 года Коллегия ГПУ постановила выслать священника «из пределов РСФСР за границу... Освободить на семь дней с обязательством явки в ГПУ по истечении указанного срока». На основании этого постановления отец Иоанн был освобожден. Однако 22 августа следователь революционного трибунала составил свое заключение: «...как видно из заявления обвиняемого Артоболевского, он, Артоболевский, подлежит высылке из пределов РСФСР, как являющийся опасным для общественного правопорядка и могущим причинить ущерб диктатуре рабочего класса... по настоящему делу Артоболевскому грозит тяжелое наказание... поэтому пребывание его на свободе является общеопасным — заключить Артоболевского, священника церкви Петра и Павла в Петровском-Разумовском, под стражу в Таганской тюрьме».
О. Иоанн, обремененный семьей, срочно распродал имущество, квартиру, получил заграничный паспорт, но на вокзале перед отправкой заграницу был снова арестован. 7 октября было составлено окончательное заключение по делу, в котором писалось, что священник «в период изъятия церковных ценностей оглашал в церкви с амвона во время богослужения послание бывшего Патриарха Тихона, призывающее к сопротивлению изъятию церковных ценностей, что с момента Октябрьского переворота и до настоящего времени он не только не примирился с существующей в России рабоче-крестьянской властью, но остался ее врагом... Материал в отношении Артоболевского достаточно полный и следственных действий более производить не требуется... Материал о священнике представить в Московский революционный трибунал на предмет приобщения к имеющемуся делу по обвинению Артоболевского в контрреволюционной деятельности».
Дело было передано в революционный трибунал. II этап московского процесса об изъятии церковных ценностей проходил в Москве в ноябре—декабре 1922 года:
Из обвинительного заключения 32 клириков, проходивших по делу: "...Артоболевский, состоя членом организации, называемой Православной Иерархией... ...по предварительному соглашению с другими... ...с целью воспрепятствовать общими усилиями проведению в жизнь постановления ВЦИК от 26 февраля 1922г. и инструкции к нему об изъятии церковных ценностей в специальный фонд ЦК Помгола... ...вошел в преступное сообщество, организованное представителями высшего духовенства и возглавляемое бывшим Патриархом Тихоном. В осуществление поставленных этой организацией контрреволюционных целей в течение марта и апреля 1922г. в г.Москве и Московской губернии сознательно и умышленно: а) усиленно распространяли... воззвание (Патриарха Тихона), заведомо ложно... ... указывающее, что церковные ценности являются неприкосновенными и неподлежащими изъятию, ... что всякое посягательство на них есть святотатство; б) тайно и явно призывали верующих к массовому и открытому противодействию постановлению ВЦИК, ...последствием чего при фактическом изъятии произошли во многих местах республики... ...эксцессы, приведшие к кровавым событиям и пролитию крови...; в) ...с амвона... и в беседах с прихожанами распространяли заведомо ложные о деятельности должностных лиц, администрации Советской власти и отдельных членов местных комиссий Помгола сведения, возбуждающие в населении враждебное к ней отношение, что предусмотрено 69, 62, 73 и 119-ой ст.ст. УК РСФСР".
Протоиерей Артоболевский на суде виновным себя не признал, но признался, что "воззвание Патриарха Тихона огласил". В своем последнем слове он сказал: "Прошу Трибунал обратить внимание на мое семейное положение из четырех человек, а также имею семью своего умершего брата из 5 человек и прошу Трибунал дать мне возможность вернуться к моей семье, т.к. они без меня будут обречены на вечные мучения".
13 декабря 1922 года революционный трибунал приговорил отца Иоанна к трем годам тюремного заключения, сокращенные по амнистии втрое. 17 января 1923 года постановлением ВЦИК священник был освобожден.
В 1924 году отец Иоанн был награжден митрой и включен в состав членов Высшего Церковного Совета при Святейшем Патриархе Тихоне. В Москве он служил в Петропавловском храме при сельскохозяйственной академии до его закрытия в 1927 году, после чего был назначен настоятелем Введенского храма в Черкизове (Введение на платочках).
24 января 1933 года власти снова арестовали священника и заключили в Бутырскую тюрьму в Москве. Арестован за противодействие властям: при очередном изъятии ценностей решили забрать серебряный оклад старинного Евангелия и тут же начали вырывать из него страницы. О.Иоанн запротестовал и тут же был арестован. Вместе с ним было арестовано тринадцать человек. Все они обвинялись в том, что собирались для бесед на религиозные темы, на которых будто бы вели антисоветскую пропаганду. Следователи, однако, не сумели выдвинуть против них никаких сколько-нибудь обоснованных обвинений, за исключением тех, которые содержались в показаниях лжесвидетелей, данных ими по приказу следователей. Отец Иоанн на вопрос следователя ответил, что в 1922 году он участвовал в собраниях союза христианской молодежи, которые проходили в помещении Тимирязевской академии. «Беседы велись на церковно-философские темы», — написал следователь. Основной задачей кружка являлось воспитание молодежи в религиозно-нравственном духе. «Участниками кружка являлись студенты высших учебных заведений, но фамилий их я не помню», — сказал отец Иоанн. Когда следователь предложил подписать протокол, написанный со слов священника, отец Иоанн написал: «В христианском кружке молодежи никаких бесед на церковно-философские темы я не вел, да там их и вообще не было. Все дело там сводилось к истолкованию слова Божия (отдельных мест и отрывков), совокупному обмену мыслями по поводу прочитанного стиха или отрывка. В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю».
15 марта 1933 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило протоиерея Иоанна к трем годам ссылки в Северный край, которую он был отправлен отбывать в Вологодскую область. По окончании ссылки он вернулся в Москву, вышел за штат. Потом уже на следствии заявил, что принадлежит "истинно-православной церкви".
22 января 1938 года власти снова арестовали священника, и он был заключен в Таганскую тюрьму в Москве. Во время следствия было поставлено в вину организация "академического дня" (так назывались собрания бывших воспитанников Московской Духовной Академии после ее окончания), участие в Соборе 1917-1918 гг.
На допросе следователь спросил отца Иоанна:
— Что такое академический день?
— Постановлением советского правительства была закрыта Московская Духовная академия; мы, воспитанники пятидесятого курса академии, живущие в Москве, в память о Духовной академии собирались на молитвенные собрания и товарищеские обеды, — ответил отец Иоанн.
— Какие обсуждались вопросы на ваших собраниях? — спросил следователь.
— На наших собраниях мы делились воспоминаниями из академической жизни и обменивались мнениями по вопросам церковной жизни, службы и так далее.
— Для какой цели вы хранили антиминс?
— Антиминс я хранил как память об отце-священнике, а, кроме того, возможно, и мне пришлось бы служить на нем литургию, — ответил священник.
На этом допрос был закончен.
14 февраля 1938 года тройка НКВД по Московской обл. приговорила протоиерея Иоанна по ст.58-10 УК РСФСР "контрреволюционная агитация" к расстрелу. По приговору: "Артоболевский Иван Алексеевич действительно являлся активным деятелем ИПЦ, членом Поместного Собора Православной Церкви... в узком кругу своих единомышленников проводил глубоко законспирированную церковную деятельность... Виновным себя не признал, но полностью уличен показаниями свидетелей..."
Протоиерей Иоанн Артоболевский был расстрелян 17 февраля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
В августе 2000 года протоиерей Иоанн Артоболевский причислен к лику святых Юбилейным Архиерейским Собором Русской Православной Церкви.
Память 4 февраля, в Соборе новомучеников и исповедников Церкви Русской, в Соборе Бутовских новомучеников и в Соборе Московских святых.
