Родился предположительно 8 ноября 1860 года в Бейруте, в благочестивой христианской семье Михаила Хававини и его второй жены Марьям, дочери священника. За несколько месяцев до этого его родители, вместе со многими другими христианами, были вынуждены бежать из Дамаска из-за антихристианских погромов, начавшихся в июле 1860 года, в результате которых был убит приходской священник св. Иосиф Дамаскин. Точная дата рождения будущего епископа неизвестна, но, по его собственному предположению, это мог быть день его именин – Собор Архангелов Михаила и Гавриила и прочих Небесных Сил Бесплотных (8 ноября по старому стилю) или один из ближайших к нему дней.
В 1861 году на праздник Богоявления был крещен с именем Рафаила. Весной того же года его семья смогла вернуться в Дамаск.
В 1874 году окончил начальную школу. По ходатайству диакона Афанасия Аталлаха (позже Хомского митрополита) перед патриархом Антиохийским Иерофеем в качестве студента был принят на пастырские подготовительные курсы при Антиохийской Патриархии, которые окончил в 1879 году. Будучи студентом, в 1877 году был избран на должность заместителя преподавателя, а в следующем году - учителем арабского и турецкого языка.
28 марта 1879 года был пострижен в монашество патриархом Иерофеем и служил иподиаконом патриарха.
В восполнение закрытой в 1840 году Баламандской семинарии, Константинопольский патриарх Иоаким III предложил Антиохийскому патриарху прислать хотя бы одного достойного студента для обучения в Богословской школе на о. Халки с выплатой стипендии, выбор пал на Рафаила (Хававини).
8 декабря 1885 года был рукоположен в сан диакона в храме при школе. В июне 1886 года он получил диплом по специальности "богословие" и вернулся на родину, где поступил на службу к митрополиту Хрисанфу, а затем к патриарху Герасиму в Дамаске. В сане иеродиакона два года состоял проповедником Антиохийского престола и председателем религиозного общества св. Иоанна.
В сентябре 1888 г. поступил в Киевской духовной академию.
В 1889 году был назначен главой подворья Антиохийской Церкви в Москве.
В июне 1889 года был рукоположен в сан иеромонаха ректором КДА епископом Сильвестром (Малеванским) по просьбе антиохийского патриарха Герасима, а 20 июля был возведен в сан архимандрита митрополитом московским Иоанникием (Рудневым).
Через два года после назначения архимандриту Рафаилу удалось уменьшить долг Антиохийского подворья в Москве с 65 тыс. рублей на 15 тыс. рублей. Также он устроил приезд в Россию 24 сирийских студентов, для продолжения их учебы, в надежде, что они смогут вернуться в Сирию для обучения других.
Дальнейшая церковная жизнь архимандрита Рафаила сложилась очень неординарно: в ней был и период его "церковного диссидентства", и период ревностного церковного служения.
В 1891 - 1893 годах, когда он служил настоятелем Антиохийского подворья в Москве, у него возник конфликт с Антиохийской Патриархией. После того, как в 1891 году патриарх Герасим сложил с себя патриаршие обязанности, чтобы возглавить Иерусалимскую Патриархию, архимандрит Рафаил стал выступать за то, чтобы освободить Антиохийскую Церковь от господства греческих иерархов и предоставить управление ею коренным клирикам и мирянам. Он начал рассылать письма отдельным антиохийским епископам и влиятельным мирянам и публиковать статьи в русской прессе. Когда на Антиохийскую кафедру был избран новый патриарх греческого происхождения Спиридон, архимандрит Рафаил отказался поминать нового патриарха за богослужением и был временно отстранен от служения. Приняв свое отстранение, архимандрит Рафаил продолжал писать статьи в русских газетах в защиту антиохийского дела, и эта активность побудила всех восточных патриархов - не только Антиохийского, но и Константинопольского, Александрийского и Иерусалимского - обратиться к царю Александру III с просьбой запретить газетам публиковать статьи о. Рафаила. Не сдаваясь, о. Рафаил начал издавать свои материалы в форме книг. Наконец, патриарх Спиридон просил русских друзей о. Рафаила (в частности, товарища обер-прокурора) убедить его испросить прощение у патриарха. Тот внял просьбе обер-прокурора, прещение было снято, и о. Рафаилу было позволено перевестись из-под юрисдикции Антиохийской Церкви под юрисдикцию Русской Церкви и остаться в России.
После окончания Киевской духовной академии, в феврале 1894 года он был направлен в Казанскую духовную академию практикантом арабского языка.
В 1895 году переехал в Америку по приглашению Сирийского православного благотворительного общества Нью-Йорка, 21 августа того же года назначен в Нью-Йорк для окормления православных сиро-арабов в Алеутской епархии.
В 1901 году дважды заочно был избран митрополитом на кафедры Антиохийской Православной Церкви, первый раз митрополитом Латакским, второй раз Захлетским, но оба раза отказался, желая послужить делу Православия в Америке.
4 февраля 1904 года последовал указ о назначении епископом Бруклинским, 2-м викарием Алеутской епархии. Св. Синод доложил об этом избрании патриарху Мелетию, и тот с радостью принял решение Синода.
29 февраля 1904 года хиротонисан во епископа Бруклинского, викария Алеутской епархии, в соборе свт. Николая в Бруклине епископом Тихоном (Беллавиным) и Иннокентием (Пустынским). Это была первая православная хиротония в Америке.
Цензор журнала "Американский православный вестник".
С начала 1905 года - издатель и редактор журнала "Алькалимат" ("Слово") для сиро-арабов, журнал выходил 2 раза в месяц.
Находился непосредственно в ведении архиепископа Сиро-арабской миссии. Был опытным миссионером с серьезной богословской подготовкой и прекрасным знанием русского и сиро-арабского языков.
В июле 1905 года он освятил территорию, отведенную для Свято-Тихоновского монастыря, и благословил приют для сирот в Южном Ханаане в Пенсильвании.
К концу 1912 года епископ Рафаил занемог. Доктора признали сердечную недостаточность, которая и стала впоследствии причиной его смерти. Через две недели он почувствовал себя достаточно сильным, чтобы отслужить Литургию в своем соборе.
Скончался 14 февраля 1915 г. в 00.40 ночи после продолжительной тяжелой болезни.
На этот момент его трудами Антиохийская миссия насчитывала 30 общин с 25 тыс. прихожанами.
Причислен Православной Церковью в Америке к лику святых.
