В миру Аверкиев Трофим Никитич, родился в 1823 году в Ливенском уезде Орловской губернии в семье государственных крестьян.
В 1839 году тайно ушёл в Толшевский Спасо-Преображенский мужской монастырь Воронежской губернии, но через три месяца был возвращён отцом. После смерти родителя, мать благословила его на монашеский путь.
10 октября 1845 года прибыл в Святогорскую пустынь. Служил келейником братского духовника иеромонаха Феодосия.
24 марта 1850 года пострижен в рясофор с именем Тимон и назначен на послушание пещерника. Обязанностью его было прислуживать прп. Иоанну Затворнику в его пещерном затворе.
2 апреля 1854 года пострижен в мантию с именем Иоанникий.
16 августа 1857 года рукоположен в сан иеродиакона. Вскоре был назначен в скит Арсения Великого на Святом месте.
Здесь он так изнурял себя подвигами поста и молитвы, что начал ослабевать в здоровье: у него открылось кровотечение гортанью, он похудел и, наконец, окончательно слег. Едва живой, отец Иоанникий был привезен в больницу монастырскую, где на одре пролежал около полугода. Однажды, когда ему было очень плохо и окружавшие уже ождали его скорой кончины, услышал он голос Спасителя: "Восстань, будь полуздрав и служи на пользу душевную ближних твоих". С тех пор он начал поправляться и стал, действительно, полуздрав: тощ, хил и слаб, подвержен частым горловым кровотечениям.
14 августа 1864 года рукоположен во иеромонаха и назначен духовником богомольцев.
Все свободное свое время старец посвящал молитве и чтению.
"Трудно подчас бывает, но Бог помогает, что днем не успею, ночью свершу; причем сноровку я взял с народом обращаться так, чтобы послушание проходить и правило вместе творить. Опять же и за службами церковными, не переставая однако следить за ними, удобно Иисусову молитву творить: тут мне помехи нет никакой, смотри - в течение утрени сотенок пять или шесть одолеешь. Лишь бы охота была да усердие, а Бог в помощи не закоснит и сам всему научит желающего неленостно молиться Ему по сему правилу. Вот я, калека, поклонов много творить не могу, сейчас кровь горлом хлынет: чем мне восполнить это мое лишение подвига молитвенного, телесного, как не подвигом душевным? По крайней мере, не даром четки ношу, ответа за них Богу не дам, что для вида лишь их носил, нет, многим я им одолжен".
Всегда он советовал как можно чаще готовиться и приступать к причащению Святых Христовых Таин. "Кто часто готовится, - говорил он, - тот невольно делается лучшим по внутреннему человеку".
При конце жизни отца Иоанникия к общей болезненности его присоединились и различные несчастные случаи, пагубно отозвавшиеся на его здоровье. Однажды во время путешествия по железной дороге поспешил он сесть в вагон и, оступившись, упал под колеса, где благодаря только крайней худобе своей избежал смерти, попав в пространство между вагонами и платформой; весь поезд прошел над ним, слегка лишь черкая колесами об его бок. После этого он долгое время себя плохо чувствовал, бок его как бы одеревенел и покрылся синевой.
Скончался 10 февраля 1882 года. Похоронен у подземной церкви преподобных Антония и Феодосия Печерских.
8 мая 2008 года прославлен в лике преподобных отцов во святых горах на Донце подвизавшихся.
Память 10 февраля (Воронеж.) и в Соборах Воронежских и Святогорских святых (Укр.)