Священномученик Иоанн родился 23 апреля 1882 года в селе Сильвачево Бронницкого уезда Московской губернии в семье священника Василия Фрязинова. Окончил 1-й класс Вифанской Духовной семинарии и поступил учителем в школу. В 1913 году Иван Васильевич был рукоположен во диакона к Успенской церкви села Шубино Бронницкого уезда. В 1919 году он был переведен в Георгиевскую церковь села Сильвачево. В 1924 году он был рукоположен во священника к этому храму. Прихожане любили его за добросовестное служение, за то что он сразу отзывался на всякую просьбу, а если кто приходил из неимущих крестить, никогда не требовал платы.
В конце 1930-х годов храм в селе закрыли, богослужения в нем прекратились, но отец Иоанн по-прежнему окормлял своих прихожан, и когда была нужда, крестил, исповедовал, причащал, соборовал и отпевал. Когда во второй половине 1937 года прокатилась массовая волна арестов, его брат, священник, стал просить отца Иоанна перестать совершать требы и вообще держаться священником, а уехать, хотя бы ради детей, но отец Иоанн отказался. В 1937 году он был награжден наперсным крестом.
21 января 1938 года следователь НКВД допросил священника Василия Дмитриевича Крестова, служившего в Бронницком районе, в соседнем селе Салтыково. На вопрос следователя, что ему известно об антисоветской агитации священника Фрязинова, он ответил: «Мне известно, что Фрязинов среди населения Сильвачево систематически ведет контрреволюционную агитацию против проводимых мероприятий советской власти. В начале января 1938 года Фрязинов заявлял: “При царском правительстве весь народ жил во много раз лучше, чем сейчас при советской власти, каждый имел возможность купить себе все, что ему нужно. Теперь же, хотя есть и деньги, но ничего нет, за исключением кондитерских. Жизнь стала тяжелая, народ все же одумается, и придет время, пойдем душить всех правителей-коммунистов”».
25 января на основании этих показаний была составлена справка на арест отца Иоанна. Священник Иоанн Фрязинов был арестован в ночь на 26 января и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. 31 января состоялся допрос.
— Следствие располагает материалом, что вы в июне 1937 года распространяли среди граждан селения Сильвачево клеветнические слухи о войне и поражении в этой войне СССР и восхваляли фашизм, дайте по этому поводу показания, — потребовал следователь.
— Такого случая и факта не было, каких-либо слухов о войне я не распространял и фашизм не восхвалял, — ответил священник.
— В том же месяце вы высказывались против займа. Дайте по этому вопросу объяснения.
— Высказываний с моей стороны против займа не было, если я и говорил, то только против того, что предлагали одну сумму подписки, а я просил меньше.
— Вы лжете, следствию известно, что вы в январе 1938 года высказывались среди граждан села Сильвачево о применении репрессий против коммунистов и восхваляли старый строй. Признаете себя виновным?
— Каких-либо настроений против коммунистов и о применении репрессий к ним не высказывал, этого не было, а также и не восхвалял старый строй. Виновным себя не признаю.
8 февраля следствие было закончено. 11 февраля тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. Священник Иоанн Фрязинов был расстрелян 22 февраля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
После расстрела священника храм в селе был разорен и стал разрушаться, затем его превратили в коровник, который вскоре сгорел.
Причислен к лику святых Новомучеников Российских постановлением Священного Синода 12 марта 2002 года для общецерковного почитания.