Память 3 сентября и в Соборе Сербских святителей
Родом из города Призрен (Косово). Служил логофетом (личным секретарем) короля Сербии Стефана Душана (1331-1355). Мирское имя и происхождение Иоанникия неизвестны, но столь высокая должность при дворе указывает на принадлежность к знатному роду.
После смерти архиепископа Даниила II, на синоде Сербской Церкви, проходившем с 19 декабря 1337 по 3 января 1338 года был избран архиепископом Сербским. На момент избрания он скорее всего был мирянином. Историки считают, что это избрание произошло при непосредственном участии короля. В течение очень короткого времени Иоанникий был последовательно рукоположен во все степени священства и в 1338 году был хиротонисан во епископа Сербского с возведением в сан архиепископа.
За восемь лет своего правления показал себя ревностным пастырем для спасения своего народа и сильным сторонником законов Церкви. При нем было воздвигнуто много храмов в небольших поселениях, а также церковь св. прор. Илии на горе Кармель в Хайфе и церковь свт. Николая Чудотворца на горе Фавор в Палестине. Около 1345 года королевские мастера расписали церковь св. Димитрия в Печской Патриархии: в память о ктиторстве Иоанникия в храме представлены его портрет с царем Душаном и фреска на западной стене, на которой коленопреклоненный прп. Иоанникий Великий молится Пресвятой Богородице за своего тезку.
В 1342 году в Приштине архиепископ Иоанникий принял клятвы Душана и византийского императора Иоанна Кантакузина о заключении военно-политического союза.
Однако, воспользовавшись ослаблением Византийской империи в ходе гражданской войны между Иоанном V Палеологом и Иоанном VI Кантакузином, Стефан Душан захватил важнейшие города Македонии - за исключением Салоники – тем самым почти в два раза увеличив размер сербской территории. Вскоре после этого, в Серресе, он принял титул императора "сербов и греков". По представлениям того времени о святости царского достоинства, император мог быть коронован только патриархом. В связи с этим, в 1346 году был созван в Скопье синод всех сербских епископов, на котором, в присутствии патриарха Болгарского, в одностороннем порядке без согласия Константинополя, Сербская архиепископия была возведена в ранг Патриархии и 9 апреля 1346 архиепископ Иоанникий принял достоинство первого патриарха сербского с титулом "Патриарх сербских земель и побережья (приморья)". Через неделю, в пасхальное воскресенье, 16 апреля, новый патриарх приступил к торжественной коронации императора Душана Стефана и его супруги Елены.
Три года спустя, в 1349 году на соборе сербской феодальной знати в Скопье, при активном участии патриарха, был принят кодекс Душана ("Законник царя Душана"), основной юридический документ государства, который обеспечил правовую основу для новой империи и автокефальной Сербской Церкви.
В тот период благодаря обширным завоеваниям Душана в юрисдикцию Сербской Церкви входили Святая Гора и многие греческие епархии, которые после провозглашения Сербской Патриархии были возведены в более высокий ранг, а их греческие иерархи заменены сербскими. Односторонняя инициатива Сербской Церкви не сразу вызвало реакцию в Константинополе, но в 1353 году патриарх Каллист, при поддержке императора Иоанна VI Кантакузина, наложил анафему на царя Душана, на патриарха Иоанникия и на весь клир Сербской Церкви и ее народ. Хотя сербская сторона анафему не признала, Иоанникий до конца жизни пытался преодолеть сложившуюся ситуацию. Впоследствии Иоанн V Палеолог попытался покончить с расколом, посылая Каллиста в Сербию снять проклятие, но тот умер во время переговоров (ок. 1364). И только в 1375, после миссии почтенного афонского монаха Исаии и видных исихастов, было восстановлено общение между двумя церквями при константинопольском патриархе Филофее.
Летом в 1354 году венгры напали на Сербию, и император Душан призвал старого патриарха к себе в Жичский монастырь, вероятно для обсуждения переговоров с папой Римским Иннокентием VI об оказании помощи в борьбе с венграми и турками. Ионникий выступал против подобных переговоров, так как условием оказания помощи могло стать подчинение Сербской Церкви Риму. Во время пребывания в Жиче патриарх заболел и попросил разрешения, чтобы его перенесли обратно в Печ, но 3 сентября 1354 года скончался во время путешествия, следуя по дороге в с. Полумир на реке Ибар.
Похоронен в церкви св. Апостолов в Печской Патриархии. Саркофаг с его мощами стоит слева от иконостаса. Иоанникий был канонизирован, вероятно вскоре после смерти, так как на фреске, изображенной над гробницей (ок. 1355), он уже называется святым.
Краткое Житие свт. Иоанникия было составлено в конце XIV века в качестве дополнения к сборнику Житий королей и архиепископов сербских архиеп. Сербского Даниила II. Службу свт. Иоанникию, «архиепископу и первому патриарху Сербскому», написал митр. Сербский Михаил (Йованович) и включил ее в состав «Србляка».
Прижизненное изображение свт. Иоанникия находится рядом с портретами Душана, его сына Уроша и св. Саввы Сербского на южной стене западного нефа в церкви вмч. Димитрия Солунского в Печской Патриархии (ок. 1345). Иоанникий, еще как архиепископ, представлен в нетрадиционном для византийской культуры темно-красном облачении с вышитыми на нем образами святых и в головном уборе, похожем на корону. Сцена «Погребение патриарха св. Иоанникия II» (ок. 1355) над гробницей святителя в церкви св. Апостолов в Печской Патриархии является лучшим из подобных изображений в сербской живописи.
Множество священников и вельмож окружают смертный одр, в службе участвуют епископы, диаконы, певцы и чтецы, мальчик в стихаре взмахивает кадильницей, на заднем фоне весьма достоверно изображен комплекс Печской Патриархии, а венчает сцену фигура Христа. Как архиепископ Иоанникий изображен в церкви Св. Троицы монастыря Сопочани (1342-1345), как патриарх - в северо-западном углу притвора собора монастыря Дечаны (ок. 1350) и в алтаре соборной церкви в Белграде.