Martín se convirtió en papa el 5/18 de julio del 649, en tiempos del furioso debate entre los Ortodoxos y los herejes monotelitas, que creían la doctrina de una sola voluntad en Cristo. En aquel tiempo reinaba Constante II, nieto de Heraclio. El Patriarca de Constantinopla era Pablo. Con el fin de hacer paz en la Iglesia, el Emperador compuso un tratado titulado el «Typos», que era muy favorable a los herejes. El papa Martín convocó a un concilio de ciento cinco obispos (el cual tuvo lugar en el mes octubre en la Iglesia del Santísimo Salvador del Palacio de Letrán) que condenó este tratado del Emperador. Al mismo tiempo, el Papa escribió una carta al patriarca Pablo implorándole que se ciñera a la pureza de la Fe Ortodoxa y que aconsejara al Emperador que renunciara a esta sofistería herética. Esta carta airó tanto al Emperador como al Patriarca. El Emperador envió a Roma a Olimpio, uno de sus comandantes, para que trajera al Papa encadenado a Constantinopla. El comandante no se atrevió a encadenar al Papa, sino que sobornó a un soldado para que lo asesinara en la Iglesia con una espada. Cuando el soldado entró en la Iglesia con la espada oculta, quedó ciego instantáneamente. Así, por la providencia de Dios, Martín escapó de la muerte. En aquel tiempo, los sarracenos atacaron Sicilia y Olimpio fue enviado allí, donde murió. Entonces, según las intrigas del patriarca hereje Pablo, el Emperador envió a Teodoro, otro comandante, para encadenar al Papa y traerlo a Constantinopla, acusando al papa Martín de que colaboraba con los sarracenos y de que no honraba a la Purísima Madre de Dios. Cuando el comandante llegó a Roma y leyó la acusación en su contra, el Papa Martín respondió que esto era una calumnia y que él no tenía asociación alguna con los sarracenos, enemigos del cristianismo. Por lo que respecta a la Madre de Dios, si alguno no la honra, ni la confiesa, ni la reverencia, que sea anatema en este mundo y en el venidero. Sin embargo, esto no cambió la decisión del comandante. El papa Martín fue encadenado y traído a Constantinopla, donde permaneció por mucho tiempo en prisión, gravemente enfermo y sufriendo de ansiedad y hambre, hasta que al fin fue sentenciado al exilio en Corsún. El papa Martín vivió dos años en el exilio y murió en el 655, ofreciendo su alma al Señor por quién tanto sufrió. Dos años antes de la muerte del papa Martín, el patriarca Pablo murió arrepentido. Cuando el Emperador le visitó antes de su muerte, Pablo volvió su rostro hacia la pared y lloró, confesando que había pecado grandemente contra el papa Martín y rogó al Emperador que lo librara.
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