马丁于公元649年7月5日接任教宗，当时正值东正教和基督一志论展开激烈的辩论时期；基督一志论主张基督只有一个意志。当时正是希拉克略的孙子康斯坦斯二世在位期间。当时君士坦丁堡的牧首是帕弗罗。为了在教会中建立和平，皇帝编纂了一本《教义规范诏书》，这本书支持异端的立场。教宗马丁召集了105位主教（在拉特兰宫的圣救世主教堂，10月份），强烈谴责这本书。与此同时，马丁教宗致信帕弗罗牧首，要求他维护正教信仰，并劝说皇帝放弃异端邪说。这封信激恼了帕弗罗和皇帝。皇帝派遣其中一个指挥官奥林皮乌斯前往罗马将教宗押解君士坦丁堡。指挥官不敢捆绑教宗，但是却贿赂士兵前往教堂暗杀教宗。当这个士兵带着利剑来到教堂时，他立即瞎了眼睛。这样，在上帝的天意下，教宗逃脱了死亡。就在那时，撒拉逊人袭击了西西里，奥林皮乌斯被派遣到西西里，并战死在沙场。在邪恶的牧首帕弗罗的阴谋之下，皇帝又派遣另一名指挥官德奥多若前去捉拿教宗马丁，押解到君士坦丁堡，指控他同撒拉逊人共谋，且不虔敬圣母。当指挥官到达罗马后宣读了指控，教宗马丁回答说：“这纯粹是污蔑，撒拉逊人是基督教的敌人，我同撒拉逊人没有任何联系。如果谁不虔敬圣母、不承认圣母、不敬拜圣母，那么，让他今生和后生都遭到诅咒。”不管怎样，这并没有改变指挥官的决定。教宗马丁被捆绑押解到了君士坦丁堡，长时间呆在监狱中；期间他忍受了痛苦的疾病、焦虑以及饥饿，最后被流放到赫尔松。教宗马丁在流放生活中渡过了两年的时间，于公元655年去世，将灵魂交给了他服侍的上帝。牧首帕弗罗早在教宗马丁去世的前两年就去世了。当皇帝访问他时，他却背身转向墙壁痛苦，承认他对教宗帕弗罗犯下了严重的罪，并要求皇帝将马丁释放。 
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