След известно време на това място се събрали братя и бил основан манастир. Но никой не знаел, че в тази пещера се намира честната глава на Предтеча. Чак след много време архимандритът на тази Емеска обител Маркел, мъж, изпълнен с добродетел, я открил, за което той разказва така:
"Благословен е Бог Иисус Христос! Той сподоби мен, Своя раб Маркел, да видя видение по време на нощен сън. Това стана на 18 февруари в средопостната седмица на светата Четиридесетница. Видях всички врати на нашата обител отворени и как през вратите нахлува река. Удивих се и си помислих откъде ли идва толкова много вода. Размисляйки за това, изведнъж чух глас от много ликове, които с шум идваха по водата от изток. Всички те всеки на свой собствен език възгласяха:
- Явява се свети Иоан, Кръстителят Христов!
С такива възгласи те влязоха в манастира. А аз, обзет от страх, вече забравих за водата; като се отдалечих от вратата, се изкачих на върха на стълбата. Като стоях на нея, ми се стори, че в обителта виждам два двора: единият беше на запад, а другият на юг; по средата им стоеше голямата църква. Всеки лик, като влизаше в западния двор, се насочваше към църквата; след като се покланяше тук, той излизаше през южната врата. Когато шествието на ликовете престана, отново чух гласовете на другите, които казваха:
- Това е светият и велик Иоан Кръстител.
Като погледнах, го видях в църквата. С него имаше двама мъже, които стояха от двете му страни. В това време чиновете започнаха да пристъпват към свети Иоан и да приемат благословение. И аз реших да пристъпя към Кръстителя и да получа благословение от него. Със страх и трепет влязох последен, извърших земен поклон пред Кръстителя и се допрях до нозете му. А той ми нареди да се изправя, прегърна ме с любов, като докосваше лицето ми, взе съд, пълен с мед и ми го подаде с думите:
- Приеми благословение!
Като каза това, се отдалечи. Когато се готвех да тръгна след него, забелязах огнен стълб, който вървеше пред светеца. Ужасен от това видение, се събудих. Когато настъпи следващата вечер, наредих на братята да пеят стиховете на псалмите, влизащи в обичайното правило. По време на това пение един брат на име Исаакий, като погледна нагоре, видя през прозореца, че в пещерната църква, където беше скрита честната глава на свети Иоан, гори огън. Като видя това, той възкликнал:
- Отче, погледни! В светата пещера гори огън!
- Не бой се, брате казах му аз, но като се осениш с кръстното знамение, пази мълчание за това.
След това изминаха пет дни. През нощта на шестия ден, щом заспах, някаква ръка ме побутна три пъти по десния хълбок и се чу глас:
- Ето, аз съм даруван на вас; стани, последвай звездата, която ще върви пред теб, разкопай мястото, на което ще те заведе, и ще ме намериш.
С трепет и страх станах от сън, седнах на одъра си и виждам: пред вратата на килията ми сияе звезда. Ужасих се, но като се осених с кръстното знамение, излязох; звездата вървеше пред мен; следвайки я, влязох в пещерата; когато стигнах до мястото, където се намираше честната глава на Предтечата, звездата изведнъж стана невидима.
Паднах на земята и въздадох хвала на Господа. След дълга молитва запалих свещ, прикадих с тамян и започнах да копая, призовавайки името Господне. Докато копаех, се чуваше голям шум, а земята беше твърда като мед. Дълго се трудих; накрая намерих тухли; като ги отместих, видях каменна плоча; с голям труд я извадих от ямата и там намерих свещен съсъд, в който почиваше честната глава на Предтечата: радвайки се и в същото време ужасявайки се, взех свещ и тамян, дръзнах да взема съсъда, поклоних се и като го закрих отново, излязох от пещерата. При вратите ме срещна архимандрит Генадий, който беше дошъл в нашата обител. Той ме въведе в пещерата и като се помоли, започна да ми разказва своето видение.
Видях, започна той разказа си, като че ли ние двамата стоим на същото място, където се намираме и сега. Тук имаше много ечемичен хляб, който беше по-чист и по-светъл от слънцето. В пещерата влизаше множество народ, който приемаше този хляб от ръцете ни. Въпреки това хлябът не намаляваше, напротив, все повече се увеличаваше.
Това ми разказа Генадий. Тогава разбрах, че това негово видение е било от Бога, и че то означаваше неоскъдяващата благодат на Кръстителя Христов, която изобилно щеше да се подава на всички на това място. Затова и аз му разказах за моето видение и му показах безценното съкровище, което бях намерил.
Щом го видя, той се възрадва и започнахме да се съвещаваме как да постъпим най-добре. Посъветвах го отначало да не казваме никому за това, дори и на главния пастир на църквата Емеския епископ Ураний, но най-напред да известим за това блажения старец Стефан, който, пребивавайки в Даромийския манастир, се подвизаваше с постнически подвиг. А той трябваше да съобщи за това на епископа, с когото го свързваше голяма дружба. Но, като отидохме в Даромийския манастир, не заварихме стареца, защото беше отишъл да навести другите си манастири. Тогава изпратихме да повикат дякон Кириак, който заемаше първо място в съборния храм на този град.
Като дойде при нас, Кириак ни поздрави в Христа и ни разказа за своето видение. То във всичко беше подобно на това, което беше видял Генадий. Тогава му разкрихме нашата тайна. И двамата започнаха да говорят, че това трябва да се каже на епископа, но аз реших да чакам завръщането на преподобния Стефан.
Изминаха пет дни. На шестия, беше събота, седяхме заедно и беседвахме. Изведнъж паднах на колене: някаква болка внезапно ме порази. Не можех нито да се изправя, нито да помръдна. Спътниците ми, чудейки се, започнаха да се молят на Господа за мен. Като завършиха молитвата, те ми казаха:
- Не ти ли казахме, че трябваше да разкажем на епископа за тайната?
Тогава и самият аз осъзнах, че не постъпих добре, като не разказах на епископа за тази тайна, за която трябваше да съобщя за слава Божия; а междувременно болката не ми минаваше. Вечерта, след извършването на обичайното молитвено пение, при мен дойдоха Генадий и Кириак и ми казаха:
Дадохме си дума да разкажем на архиерея за тайната ти по време на утренята до изгрев слънце.
А аз им отговорих:
- Решението ви е добро; нека бъде така, както казахте.
И в момента, в който се съгласих с тях, се почувствах съвършено здрав: болестта ми премина.
На сутринта се отправихме към града и срещнахме епископа, когато излизаше от църквата след утренята и му разказахме всичко за намирането на честната глава на Христовия Кръстител Иоан. Епископът силно се зарадва на тази новина. Но ни забрани засега да разказваме на други и ни нареди да се върнем в обителта си. А на сутринта самият той дойде при нас с презвитери и дякони. Като отслужи съборно Божествена литургия, той приближи към мястото, където се намираше съсъдът с честната глава. Когато дяконът възгласи: "Като преклоним колене, на Господа да се помолим", всички паднахме ничком. В това време епископ Ураний възнасяше молитва; щом я завърши, той взе съсъда с честната глава. Един от презвитерите, които бяха с епископа, на име Малх, не повярва на това и каза:
- Откъде би могла да се появи тук главата на Предтечата?
Като каза така, той дръзко постави ръката си върху съда и се допря до косата на честната глава на Кръстителя. Изведнъж, заради неверието му, ръката му изсъхна и се залепи за съсъда. Като видяхме това, всички се ужасихме. Епископът с всички присъстващи започна прилежно да възнася молитва към Бога. Чак тогава Малх, и то с голям труд, успя да отмести ръката си от съда, но си остана болен. Ураний заедно с целия църковен клир взе свещения съсъд с лежащото в него съкровище, пренесе го в светата църква и го положи в дяконника в олтара. Тази светиня се съхраняваше там дотогава, докато в Емеса не беше изграден специален, благолепно украсен храм в чест на Христовия Предтеча.
Малко време преди пренасянето на светата глава в този храм, Иоан Кръстител се яви във видение на невярващия презвитер Малх и му нареди при пренасянето на главата да докосне с ръка свещения съсъд. Като постъпи така, презвитерът получи изцеление."
С това завършва повествованието на блажения Маркел.
Друг писател, свети Симеон Метафраст , в житието на преподобна Матрона разказва още и следното за намирането на честната глава на Предтечата.
По онова време един човек, който орял нивата си, забелязал, че на едно място, а именно там, където тогава били пещерата и манастирът, от земята излиза огън. Той виждал това не веднъж: в течение на много дни огънят непрестенно излизал от земята. В един неделен ден, именно в този, в който Маркел, Генадий и Кириак отишли при епископа, този човек също отишъл в град Емеса и разказал на епископ Ураний за чудесния огън. Епископът се отправил заедно с духовни лица към това място - това била същата пещера, където някога живеел еретикът Евстатий.
Като се помолил, епископът наредил да копаят на това място. Когато заповедта му била изпълнена, намерили на това място съсъд. Не злато и не сребро имало в него, но в него се съхранявало съкровище, много по-драгоценно от всички земни съкровища главата на светия Предтеча и Кръстител Господен Иоан. Мълвата за това се разпространила навсякъде: започнали да идват не само жителите на Емеса, но и обитателите на всички околни градове и села. И преподобна Матрона заедно с всички сестри дошла тук от манастира си, за да се поклони на честната глава.
Честната глава на Кръстителя източвала благовонно миро, с което свещениците помазвали кръстообразно главите на събралите се хора. Преподобна Матрона взела част от това миро в мъничко ковчеже, желаейки да го отнесе в манастира си за благословение. Но около нея се тълпял множество народ: всички искали да получат благословение от свещениците и да бъдат помазани с миро. Някои, като забелязали, че преподобната носи в ковчежето си миро, я помолили да ги помаже, понеже самите те по никакъв начин не можели да стигнат до свещениците, и тя изпълнила молбата им. Сред народа се намирал един слепец по рождение. И той се обърнал към нея със същата молба. Тя помазала очите му и той в същия миг прогледнал.
Това предава свети Симеон Метафраст за намирането на главата на Предтечата.
След известно време светата глава на Иоан Кръстител била пренесена от Емеса в Константинопол. Тук на едно място, наречено Евд, по царска заповед бил изграден прекрасен храм, в който положили честната глава.
По време на ереста на иконоборците, когато много свети икони били изгорени, а други били хвърлени в морето и реките, били тъпкани с нозе и безчестени по различни начини, неколцина благочестиви християни, бягайки от изпълнения с еретици Константинопол, тайно взели със себе си главата на Кръстителя и я занесли в Комана, където някога се преставил свети Иоан Златоуст. Тук те отново я скрили в земните недра, като я положили в сребърен съсъд.
Тази драгоценна светиня се съхранявала тук в неизвестност до времената на цар Михаил, син на Теофил и на майка му царица Теодора, която отново утвърдила Православието. През царуването на Михаил тази светиня отново била намерена по Божествено изволение и била пренесена в Цариград от патриарх Игнатий, в чест и слава на Христа, нашия Бог, прославян с Отца и Светия Дух во веки. Амин.
Кондак, гл. 2
Пророче Божий и Предтечо на благодатта,
намерили главата ти като най-свещенна роза, израснала на земята,
всякога получаваме изцерение,
защото ти пак, както преди, проповядваш покаяние в света.