I stolisur me dije dhe urtësi, shën Petroja drejtoi Shkollën Katekiste të Aleksandrisë, para se të bëhej episkop i mitropolisë së Egjiptit, në vitin 300, pas shën Theonait. Tre vjet me vonë, ediktet që urdhëronin persekutimin dhe përndjekjen e të gjithë të krishterëve e detyruan të largohej, për të vazhduar, në fshehtësi, të inkurajonte besimtarët që të ruanin besimin. Duke përfituar nga mungesa e tij, Militi (ose Meleti), episkopi i Likopolit, pushtoi fronin e Aleksandrisë, me pretekstin se Petroja e kishte braktisur nga frika e përndjekjes. Militi mori pushtetet juridike kishtare dhe dorëzoi priftërinj ndjekësit e tij në krahina të ndryshme të Egjiptit, duke krijuar kështu një kishë skizmatike, që do bëhej shkaku i përçarjeve të dhimbshme për më shumë se një shekull. Uzurpatori, me shpirt fanatik, e kritikoi shën Petron për qëndrimin e tij tolerant ndaj atyre që ishin dorëzuar gjatë persekutimit, por që, duke u penduar, donin të riktheheshin në kungimin e Kishës.
Disa vite më vonë, i erdhi radha Militit ta nxirrnin përpara sprovës së besimit, por ai u tërhoq para kërcënimit dhe vuajtjeve dhe u sakrifikoi idhujve. Që me formimin e kësaj kishe skizmatike të Militit, lindi herezia e frikshme e Ariosit. Thuhet se shën Petroja, pasi e kapën dhe e nxorën për ta gjykuar, refuzoi ta pranonte Ariosin heretik në kungim. Kur e pyetën për arsyen, ai tha se natën e mëparshme kishte parë Krishtin t’i shfaqej me pamjen e një fëmije 12-vjeçar me bukuri ndriçuese, që mbante një tunikë liri të grisur nga lart deri poshtë. Fëmija i varfër mbante dy copat, duke u përpjekur të fshihte me lot lakuriqësinë e tij. Petroja e pyeti: “O Zot, kush e grisi tunikën tënde?” Ai iu përgjigj: “Ariosi më zhveshi, prandaj kujdes se mos e pranon në kungatë dhe këshillo priftërinjtë, Akilin dhe Aleksandrin, të cilët do të pasojnë fronin e Aleksandrisë, të ruajnë besimin e shenjtë orthodhoks kundër sulmeve”.
Duke forcuar, pra, besën orthodhokse dhe duke inkurajuar ata që ishin në pranga që të këmbëngulnin në besimin te Krishti deri në vdekje, shën Petroja u kap nga vala e fundit e persekutimit, në kohën e Maksimianit (311). I dënuar me prerje koke, madje pa e gjykuar fare, ai pa të vinte çasti të bashkohej me Zotin, duke marrë pjesë në pësimin e tij. Duke pasur frikë se mos banorët e Aleksandrisë ngrinin krye dhe, që të mos bëhej shkaku i trazirave dhe i masakrave, u arratis nga burgu dhe shkoi vetë në vendin e ekzekutimit, ku u dha te xhelatët, duke imituar Mësuesin hyjnor, që u dorëzua pa kundërshtuar tek ata që erdhën për ta arrestuar. Po në atë vend ishte ekzekutuar edhe Apostull Marku, themeluesi i Kishës së Aleksandrisë (25 prill).
Shën Petroja u kërkoi xhelatëve disa momente që të lutej mbi varrin e tij. Me lot, ai iu lut plot zjarr ungjillorit të shenjtë, që t’i jepte kurajë për këtë sprovë të fundit dhe që të ruante Kishën e Aleksandrisë nën mbrojtjen e tij. Kur u ngrit, iu lut edhe Zotit Jisu Krisht dhe i kërkoi që gjaku i tij, që do të derdhej së shpejti, të ishte vula dhe shenja e fundit e persekutimit. U dëgjua atëherë një zë që vinte nga lart: “Petroja ishte i pari i apostujve dhe Petroja është i fundit i martirëve”. Me të vërtetë, vdekja e shën Petros shënoi fundin e persekutimit (24/25 nëntor 311) dhe konsiderohet si i fundit i martirëve të periudhës që parapriu paqen e shën Konstandinit të Madh.
Disa kohë pas martirizimit të shenjtit, besimtarët zbuluan me emocion lipsanin e tij të shenjtë dhe e çuan në katedrale, ku e ulën për herë të parë në fronin episkopal. Sepse, nga përulësia, Petroja kishte refuzuar gjithmonë të ulej. Ai qëndronte në shkallëzën e tij dhe thoshte: “Mos më detyroni të ulem mbi këtë fron episkopal, pasi frika dhe dridhja më kapin kur afrohem dhe kur shikoj fuqinë hyjnore dhe të shndritshme që prehet: pra, atë të Krishtit, Kryepriftit tonë të vetëm!” Para lipsanit të të fundit të martirëve u hirotonis pasuesi i tij, Akili.
