Священномученик Алексий родился 15 октября 1881 года в Москве. Отец его Михаил Никонов работал землемером. В 1902 году Алексей Михайлович окончил Московское коммерческое училище и с 1903 года служил в армии. В 1905 году Алексей Никонов оставил службу и поступил в Московскую Духовную академию, которую окончил в 1910 году.
С 1911 по 1914 год Алексей Михайлович был учителем в городе Данкове Рязанской губернии. С началом Первой мировой войны он был призван в армию и служил в Могилевской губернии прапорщиком в 11-ой Сибирской стрелковой дивизии 43-го Сибирского стрелкового полка. В 1917 году его перевели в 712 й полк, который располагался в Пинских болотах.
С декабря 1917 года по июль 1918 года Алексей Никонов командовал взводом караульной роты в городе Данкове и был помощником военного руководителя. С 1918 года Алексей Михайлович возобновил учительскую деятельность. В 1921 году он стал псаломщиком и через год, в конце августа 1922 года, был рукоположен во священника и служил в Успенской церкви подмосковного города Клин.
В мае 1922 года возник обновленческий раскол. Епископ Клинский Иннокентий (Летяев) признал незаконное обновленческое ВЦУ и тем самым уклонился в раскол. На его место Патриархом Тихоном был назначен епископ Гавриил, который выступил против раскола и антицерковной деятельности его представителей. В этом ему помогал благочинный города Клин священник Алексий Воробьев. Священник Алексий Никонов вместе со священником Алексием Воробьевым были арестованы 26 сентября 1924 года по обвинению в том, что они «без разрешения местной власти устроили в церкви города Клина собрание верующих, на котором произносили агитационные речи о гонении советской властью православия».
6 октября отец Алексий Никонов был вызван на допрос.
– Скажите, гражданин Никонов, принимали ли вы участие в нелегальном собрании, устроенном по инициативе гражданина Воробьева? – спросил следователь.
– Собрания такого не было, а священник Воробьев, созвав священника Успенского, диакона Щедрова и председателя церковного совета Еремеева, объявил им и случайно собравшемуся народу, что собрания как такового нет, а будет объявление резолюции епископа Гавриила, – ответил священник.
– Что заставило вас распространять провокационные слухи о связи ВЦУ с ОГПУ и советской властью?
– Таких слухов я не распространял.
До вынесения приговора отец Алексий находился в Бутырской тюрьме в Москве. Поскольку вины священников следствие доказать не могло, их держали несколько месяцев в тюрьме не допрашивая. 27 февраля 1925 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило священника Алексия Никонова к высылке в Нарымский край на два года.
После отбытия срока ссылки отцу Алексию было три года запрещено проживать в шести крупных областях страны. Отец Алексий поселился в селе Спас-Дощатый Зарайского района Московской области и стал служить здесь в Преображенском храме, стараясь строго исполнять богослужебный устав, во всем проявляя себя преданным пастырем Церкви Христовой.
Некий коммунист написал уполномоченному ОГПУ заявление, в котором просил «принять срочные меры для выяснения личности священника села Спас-Дощатый, который работает около двух лет в церкви попом, ведет контрреволюционную работу. Главным образом обрабатывает молодежь, рассказывает проповеди каждую службу, не по одной, а по две или по три проповеди… Я, как человек партийный, заявляю, что необходимо принять срочные меры о высылке его».
По обвинению в антисоветской деятельности отец Алексий в феврале 1930 года был арестован и заключен в Зарайском административном отделе. 10 февраля священника допросили. На вопросы следователя он ответил: «В проповедях против советской власти не выступал, говорил в отношении духа неверия, что если человек не верит, то жизнь сама обязательно приведет его к вере, но, однако, советской власти не касался. В проповедях я говорил, что в школах детей учат читать и писать, а дома верующие могут учить Закону Божьему. Против коллективизации я никогда не выступал, и это не мое дело. Виновным себя в антисоветской агитации не признаю. Могу добавить, что я болен туберкулезом легких с утратой восьмидесяти процентов трудоспособности, на что имеется свидетельство».
Прокурор Коломенского округа, которому дело было послано на утверждение, вернул его, посчитав, что «оснований к привлечению священника Никонова к ответственности собрано недостаточно, так как показания свидетелей… не могут служить основанием для привлечения к ответственности по статье 58/10, а посему полагал бы: дело производством прекратить и Никонова из-под стражи отпустить».
Старший уполномоченный Коломенского окружного отдела ОГПУ Чесноков, ввиду вынесенного прокурором заключения о прекращении дела, решил направить его на рассмотрение тройки ОГПУ. 30 апреля 1930 года на заседании тройки было принято решение зачесть отцу Алексию в наказание срок предварительного заключения и из-под стражи освободить.
После освобождения отец Алексий продолжал служить в Преображенском храме. С августа по ноябрь 1936 года Московским управлением НКВД были арестованы несколько священников и мирян. Среди них был и отец Алексий Воробьев, которого арестовали 25 сентября 1936 года. Власти обвинили его в том, что он «среди населения ведет контрреволюционную агитацию против существующего строя советской власти».
20 января 1937 года Особое Совещание при НКВД приговорило отца Алексия к заключению в исправительно-трудовой лагерь сроком на пять лет.
Священник Алексий Никонов был отправлен этапом в Севжелдорлаг и, находясь в заключении, скончался 29 октября 1938 года. Тело отца Алексия было погребено на отведенном кладбище поселка Кылтово Княжпогостского района Коми области на расстоянии от поселка 2,5 километра на юг.
