Преподобномученик Рафаил родился 20 июля 1886 года в селе Юрты Жерновской волости Ливенского уезда Орловской губернии в семье крестьянина Георгия Тюпина и в крещении был наречен Борисом. Начальное образование он получил в сельской школе. В 1912 году Борис поступил в Козельскую Введенскую Оптину Пустынь и исполнял здесь послушание повара. В 1914 году началась Первая мировая война, и Борис был призван на фронт. Вскоре после начала военных действий он был ранен и попал в лазарет, а затем на окончательное излечение был направлен в Оптину Пустынь, при которой в те годы был устроен госпиталь. По выздоровлении он остался в монастыре.
После закрытия обители безбожниками в 1918 году Борис Георгиевич снова был мобилизован на фронт, но заболел и был оставлен в Ливнах, откуда уехал в Москву, и в 1922 году в Златоустовском монастыре был пострижен в монашество с именем Рафаил, а в 1926 году рукоположен во иеромонаха.
С 1927 по 1930 год он служил в храме в селе Латынино Калужской области, затем был назначен настоятелем храма в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость» в селе Шарапово Лопаснинского (ныне Чеховского) района Московской области.
Батюшка Рафаил был ревностным пастырем и молитвенником: слава о нем, как о святом человеке, молитвы которого слышит Господь, быстро распространилась среди крестьян, и они стали обращаться к нему с просьбой помолиться и за советами. И власти решили арестовать священника, псаломщицу, церковного старосту и двух активных, с их точки зрения, прихожан. Иеромонах Рафаил был арестован 14 апреля 1932 года и заключен в тюрьму в городе Серпухове. Особенный интерес вызвало у сотрудников ОГПУ исцеление отцом Рафаилом бесноватой. Были опрошены жители села, которые все свидетельствовали о недуге несчастной женщины, которую в момент беснования едва могли удерживать несколько человек, а когда подводили к причастию в церкви, то ее с трудом могли удержать четверо сильных мужчин. Относительно чуда исцеления были опрошены верующие и неверующие, и все подтвердили подлинность чуда. Все свидетельствовали, что до исцеления больная «не могла даже воды принести и вообще ничего не делала, а сидела дома как глупая. Но после того, как она пришла из Шарапова, то стала все работать и никакой боли уже не чувствовала».
Была вызвана к следователю и сама исцеленная. Она рассказала, как в начале своей болезни попала в больницу. После неудачных попыток ей помочь, врачи заявили, что, хотя она бесспорно тяжело больна, «страдает неврастенией, малокровием и туберкулезом легких…», они ничем помочь ей не могут, так как не понимают, в чем причина столь тяжелой болезни. Был вызван и священник из села Хлевина, сделавший первоначально попытку отчитать бесноватую. «Такое исцеление,— сказал он следователю,— мне, как священнику, встречается впервые, и я сказать не могу, каким путем он ее вылечил, но такую больную, как я видел, излечить, я бы сказал, нельзя и невозможно». Был вызван на допрос относительно происшедшего чуда и отец Рафаил, он сказал следователю: «В отношении исцеления, то я говорил и говорю, что не я исцелил, а Иисус Христос исцелил. Я только Его служитель… В чем-либо виновным себя не признаю. Я есть служитель храма, у меня на это призвание и от этого я не уйду…».
3 июня 1932 года тройка при ПП ОГПУ приговорила иеромонаха Рафаила к трем годам ссылки в Казахстан. По отбытии ссылки батюшка Рафаил вернулся в Москву и получил назначение в один из храмов в Черневском районе Московской области, где прослужил до 1936 года и был направлен в храм в Шаховском районе той же области.
В 1937 году отца Рафаила направили служить в храм в Серебряно-Прудском районе. Здесь он прослужил три месяца, пытаясь добиться регистрации местными властями, но после того, как власти отказали ему в регистрации, он снова пришел в Патриархию и был направлен в распоряжение Нижегородского митрополита Феофана (Тулякова), резиденция которого тогда находилась в городе Семенове. По-видимому, и здесь власти отказали священнику в регистрации, и митрополит поручил ему заведовать хозяйственной частью епархиального управления. В августе 1937 года митрополит Феофан был арестован, отец Рафаил выехал в Патриархию в Москву и получил назначение в приход Смоленской области. Но когда он прибыл туда, власти отказались его регистрировать. После этого батюшка Рафаил оставил все попытки устроиться служить на приходе; он поселился в деревне Маклино Малоярославецкого района Московской области и стал зарабатывать себе на жизнь сапожным ремеслом.
Во второй половине 1937 года начался последний период кровавых гонений на Русскую Православную Церковь. Для обоснования ареста батюшки Рафаила сотрудниками НКВД были допрошены свидетели: председатель местного колхоза, конюх и шестнадцатилетний комсомолец, сын хозяев, у которых отец Рафаил снимал комнату. Они подписались под протоколами допросов, написанных следователем, что священник, живший в их селе, совершал молебны в домах крестьян, крестил новорожденных, собирал маленьких детей и заставлял их молиться. Председатель колхоза дал такую характеристику отцу Рафаилу: «…разложил дисциплину в колхозе. Много населения стало ходить в церковь».
Батюшка Рафаил был арестован 29 ноября 1937 года и помещен в одну из тюрем города Москвы. 2 декабря следователь допросил его.
— Скажите, Тюпин, служили ли вы молебны по домам в деревне Маклино и крестили ли вы тайно новорожденных детей?
— Я молебнов ни у кого тайно не служил, а также и детей новорожденных не крестил.
— Вы женщин никогда не агитировали пойти в церковь во время уборочной кампании?
— Нет, не агитировал.
— Скажите, не собирали ли вы малолетних детей и не проповедовали ли им?
— Нет, я детей не собирал и ничего им не проповедовал.
— Скажите, в данный момент вы не служите, а для чего и откуда у вас появились Священная Библия, крест и кадило?
— Когда я принимал постриг в монашество, то мне давались крест и Евангелие, а кадило я купил в Москве в магазине за три рубля… В зачитанном мне в постановлении обвинении виновным себя не признаю.
В тот же день 2 декабря следствие было закончено, и 9 декабря тройка НКВД приговорила отца Рафаила к расстрелу. Иеромонах Рафаил (Тюпин) был расстрелян 11 декабря 1937 года и погребен в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой.
Был причислен к лику святых Новомучеников Российских постановлением Священного Синода 6 октября 2006 года для общецерковного почитания.
