Священномученик Василий родился в 1886 году в селе Извольском Юхновского уезда Смоленской губернии в семье псаломщика. После окончания Смоленской духовной семинарии Василий Сергеевич был назначен учителем школы в селе Торбеево Сычёвского уезда Смоленской губернии. В мае 1915 года он был рукоположен во священника к храму в селе Новый Покров Уваровского района Московской области.
В 1928 году суд оштрафовал отца Василия за принятие помощи от верующих для уплаты налога. В 1931 году за неуплату очередного налога он был осуждён на восемь месяцев исправительно-трудовых работ. Кроме того, у него отобрали дом и имущество. После подачи жалобы приговор был отменён, но имущество не вернули.
20 ноября 1937 года 19-летний комсомолец, заведующий избой-читальней соседнего села Острицы, написал в Уваровское районное отделение НКВД заявление, в котором просил «принять меры к служителю церковного культа Ново-Покровской церкви». На следующий день заявитель был вызван в НКВД для дачи свидетельских показаний и рассказал следующее: «Ввиду того, что у нас в деревне Острицы церковь закрыта, Протопопов взял в свой приход и наш сельсовет, то и дело ходит по деревням, ведёт контрреволюционную агитацию среди населения, чтобы ходили в церковь и молились Богу. Об этом мне неоднократно приходилось слышать от молодёжи и школьников, приходящих в избу-читальню… Кроме этого, нужно сказать, что Протопопов взял под своё влияние учительницу, имеющую высшее образование…, к которой он часто ходит в дом. Она в настоящее время бросила работать в школе, занимается исключительно своим домашним хозяйством и регулярно посещает церковь, где поёт как певчая… В сентябре 1937 года я был в кооперативе в селе Новый Покров. Выходя из магазина, встретился с Протопоповым… Я задал ему вопрос: вы всё ещё работаете в церкви? Пора бы кончить, ведь, наверное, к тебе в церковь никто не ходит? На это Протопопов ответил: вы не думайте, что все люди такие тупые, как у вас в Острицах, которые допустили, что вы надругались над Божиим храмом, загрязнили его пылью и зерном. Это безобразие. Нужно верующим решительно идти за то, чтобы очистить храм от зерна и более решительно требовать открытия церкви. В конституции и то сказано, что вероисповедание свободное, а вы здесь на месте нарушаете это, закрываете церкви. Недолго осталось вам сбивать людей, чтобы они шли против Бога, скоро этому подойдёт конец…»
24 ноября 1937 года священник Василий Протопопов был арестован и допрошен.
– Следствием установлено, что вы среди населения вели антисоветскую деятельность, распространяете контрреволюционную клевету против советской власти. Вы подтверждаете эти следствия? – спросил следователь.
– Антисоветской деятельности и клеветы против советской власти я не высказывал. Это ложные данные, – ответил отец Василий.
2 декабря следствие было закончено. 5 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Василия к десяти годам заключения. Отбывая наказание в Темниковском лагере, священник Василий Протопопов умер 8 июля 1940 года и был погребён на лагерном кладбище.
