Священномученик Мефодий родился 30 июля 1868 года в селе Вятском Сарапульского уезда Вятской губернии в семье псаломщика Платона Красноперова и в крещении был наречен Михаилом. Семья жила очень скудно в материальном отношении, и Михаил с детства узнал бедность и связанные с нею лишения. Но одновременно с этим он познал и великую силу веры, – здесь его первым наставником стал отец, учивший сына во всем полагаться на волю Божию, познавать близость к человеку Бога и видеть, что в мире ничего не совершается без Его благого Промысла, пусть и не сразу людьми понимаемого. Михаил окончил Сарапульское духовное училище и Вятскую Духовную семинарию и в 1890 году был определен на должность надзирателя Сарапульского духовного училища.
22 октября 1891 года епископ Сарапульский Афанасий (Пархомович) рукоположил Михаила во священника к Тихвино-Богородицкой церкви в селе Паздеры Сарапульского уезда. 19 февраля 1896 года он был назначен сверхштатным священником к Вознесенскому собору в Сарапуле и заведующим и законоучителем Никольской церковно-приходской школы. Во время своего служения священником отец Михаил овдовел и принял решение целиком отдать себя на служение Церкви, а для этого он, прежде всего, счел необходимым завершить духовное образование.
В 1898 году отец Михаил поступил в Казанскую Духовную академию. В это время ректором академии был епископ Антоний (Храповицкий); общение с этим выдающимся архипастырем, беседы его о монашестве склонили отца Михаила к решению принять иноческий постриг. 11 февраля 1900 года, когда иерей Михаил учился на третьем курсе академии, епископ Антоний постриг его в мантию и нарек ему имя Мефодий, назначив благочинным учащегося в академии духовенства. В 1902 году иеромонах Мефодий окончил Казанскую Духовную академию со степенью кандидата богословия. Тема его кандидатской работы была "Пастырь Церкви по учению святого апостола Павла".
16 августа 1902 года иеромонах Мефодий был назначен помощником смотрителя Уфимского духовного училища, а через год – инспектором Александровской миссионерской семинарии в городе Ардоне в Осетии и членом Ардонского отделения Епархиального училищного совета. В 1904 году иеромонах Мефодий был награжден наперсным крестом, а в 1905 году назначен исполняющим обязанности ректора семинарии. 20 ноября 1906 года отец Мефодий был назначен ректором Уфимской Духовной семинарии и возведен в сан архимандрита. В 1907 году архимандрит Мефодий был избран постоянным членом Уфимского епархиального комитета православного миссионерского общества, в 1908 году назначен редактором неофициальной части "Уфимских епархиальных новостей" и в том же году – старшим членом Просветительского отдела уфимского епархиального Братства Воскресения Христова со званием помощника председателя Братства.
В напутственном слове к семинаристам, сказанном в начале 1908-1909 учебного года, отец Мефодий ярко обрисовал обстановку в Церкви и обществе. "То, что совершается в последние времена в мире и нашем православном Отечестве, – сказал он – ясно говорит, что делатели виноградника Божия начинают уподобляться богоборным иудеям: отвергают слова посланников Божиих и избранников, сосудов благодати Божией, оскорбляют их и "поносят... и рекут всяк зол глагол" на них, начинают вторично распинать Сына Божия, отвергая Его святое Евангелие, попирая Его заповеди и отрицая в корне самое дело христианства. Масонство вместе с сектантством – эта страшная боговраждебная сила – быстро распространяется в мире христианском; в массе печатных изданий своих оно откровенно и цинично обещает в недалеком будущем "развеять по ветру пепел современного христианства" и отпраздновать над ним печальную тризну. С неменьшим успехом воинствует против Церкви Христовой религиозный рационализм и материализм. Вместо Евангелия Христова, начинают зачитываться сочинением богохульника Ренана или "Капиталом" Маркса. С фанатизмом и уверенностью проповедуют наступление "небесного-духовного царства вечной жизни" на земле. Многие совращаются в еврейство, в магометанство и даже язычество, тысячи душ, уклоняясь от православия, остаются без всякой религии. Отбросивши Евангелие Христово как книгу несбыточных идеалов, современные, именуемые христианами учители стараются в практической жизни уничтожить влияние Евангелия, снять с человека всякую нравственную ответственность за его личное жизнеповедение. <…>. Ныне особенно требуются люди, твердые духом, глубоко верующие в Бога и преданные сыны Церкви Христовой, убежденные проповедники и исповедники христианства".
Архимандрит Мефодий был активным деятелем Уфимского епархиального комитета Православного миссионерского общества и во время отсутствия епархиального архиерея возглавлял все заседания комитета. 26 января 1913 года в Омской епархии с миссионерской целью была учреждена вторая викарная епископская кафедра, которую с 10 февраля того же года стал возглавлять архимандрит Мефодий, нареченный во епископа Акмолинского, второго викария Омской епархии.
В 1914 году место пребывания епископа Акмолинского было перенесено из Омска в Петропавловск, а второй викарий Омской епархии был переименован во епископа Петропавловского с предоставлением ему значительных полномочий в самостоятельном управлении приходами Петропавловского, Кокчетавского и Атбасарского уездов.
25 марта Совет рабочих и солдатских депутатов постановил произвести обыск в архиерейском доме и в женском монастыре. В этот же день в 11 часов вечера к епископу Мефодию явились человек двадцать вооруженных солдат и рабочих. Владыке предъявили документ, что они уполномочены Советом солдатских и рабочих депутатов и городским исполкомом произвести обыск. Искали иоаннитскую литературу, сахар и махорку, но ничего не нашли. Во время обыска дом и монастырь были окружены ротой солдат. Из квартиры епископа вооруженный отряд отправился в монастырь. Затем вооруженные солдаты вошли в церковь, прошли в алтарь и по приказанию унтер-офицера стали обыскивать престол.
Утром 26 марта, в Вербное воскресенье, епископ Мефодий собирался идти в собор служить литургию, когда к нему пришли из монастырской церкви сказать, что вооруженные солдаты были в церкви и в алтаре и прикасались ко святому престолу. Епископ благословил освятить алтарь и служить. После литургии в соборе епископ вышел благословить народ и в это время кратко изложил все то, что произошло в монастырском храме, сказав, что считает своим долгом предупредить православных, дабы они не приняли вести о происшедшем ночью в храме в искаженном молвой виде. Епископ призвал не беспокоиться до расследования всех обстоятельств дела.
26 марта в три часа дня к епископу пришел председатель исполкома и обвинил владыку в произнесении проповеди, угрожающей общественному спокойствию. Епископ Мефодий возразил, что подобного рода проповеди не говорил, а после литургии небольшому числу богомольцев рассказал о происшедшем ночью обыске; сделал он это ради успокоения народа и предупреждения нелепых слухов, которые могли появиться в городе.
27 марта Совет рабочих и солдатских депутатов постановил послать телеграммы министру Керенскому и обер-прокурору Святейшего Синода с просьбой об удалении епископа Мефодия из Петропавловска за реакционную деятельность, угрожающую общественному спокойствию. На другой день в местной газете появилось сообщение Совета рабочих и солдатских депутатов, где говорилось, что в монастырской церкви солдатами ничего святотатственного допущено не было, что они вели себя корректно, как и подобает в святом храме; между тем архиерей якобы стал распространять клевету, обратившись к тысячной толпе с проповедью во время литургии.
1 мая 1917 года епископ Мефодий направил в Святейший Синод обстоятельный доклад о происшедших событиях с обращением к Святейшему Синоду защитить его "от капризного произвола Совета рабочих и солдатских депутатов города Петропавловска". Просьбу большевиков удалить епископа из города Святейший Синод оставил без внимания.
После захвата власти большевиками в России началась Гражданская война, которая в иных местах переросла в крестьянские восстания. Крестьянское восстание, вспыхнувшее в Западной Сибири в 1921 году, стало одним из крупнейших очагов сопротивления безжалостному режиму. Крестьяне захватили Петропавловск, Ишим, Тобольск, везде беспощадно расправляясь с коммунистами и их семьями. Повстанцами было образовано Северное Сибирское правительство. На восстание против антинародного большевистского режима большевики ответили с удвоенной жестокостью. Карательные большевистские отряды сотнями, без разбора расстреливали жителей захваченных сел и городов, сжигали дотла захваченные поселения.
17 февраля 1921 года красные заняли город Петропавловск. В тот день владыка служил Божественную литургию в Никольской церкви в Петропавловске. После молебна он вышел со словом примирения на площадь к собравшемуся перед храмом народу – и здесь, перед храмом, был заколот штыками; уже убитому епископу красноармейцы нанесли еще несколько штыковых ран, а затем в одну из ран вонзили крест.
…За двенадцать лет перед мученической кончиной, еще будучи архимандритом, проповедуя в уфимском кафедральном соборе при архиерейском богослужении в Неделю Крестопоклонную, отец Мефодий говорил: "Нам надо глубоко запечатлеть в мыслях и сердце, что если мы хотим жить разумно, осмысленно, истинной духовной жизнью, следовать за Христом, то нам придется постоянно бороться за идеалы духовной жизни, постоянно испытывать в этой борьбе скорби и страдания. Но зато эта борьба, эти скорби и страдания очищают нас от греха, возвышают дух и ведут к победе, к славе, к нетлению, к бессмертию. Позади своего креста или в конце своего крестного пути мы увидим светлый Лик Господа, Его святую десницу, которая поддержит прикосновением благодати... Никакие блага этого мира, никакая мудрость мирская не могут так скоро привести нас к цели, к искомому нами и всеми людьми счастью, радости, блаженству, как тесный, узкий евангельский путь, или путь креста".
Это был иерарх с мягкой душой, простой, внимательный и ласковый. Куда бы он ни являлся, он всегда приносил с собой мир. Он не замыкался в узкий круг прямых своих обязанностей, но принимал живейшее участие в общественной деятельности. Будучи еще иеромонахом, он посещал "бывших людей", не гнушаясь со словом Божиим входить к ним в ночлежку, и среди этих несчастных, в душном и спертом воздухе, он проводил целые часы, поучая их и молился с ними, совершая всенощные бдения и читал акафисты и Великим постом исповедовал пред причастием. В неурожайный год он своим воззванием собрал для голодающих более двадцати тысяч рублей.
Канонизирован в августе 2000 года на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви.
