Мученик Стефан родился в 1898 году в селе Константиновка Мелитопольского уезда Херсонской губернии в благочестивой крестьянской семье Пимена и Евфросинии Наливайко. Огромное влияние на воспитание мальчика имела его мать, Евфросиния Романовна, усилиями которой он получил хорошее церковное образование, прекрасно знал Священное Писание и полюбил читать духовные книги.
После установления советской власти, когда начались гонения на Православную Церковь, Евфросиния Романовна стала ходить по соседним селам с проповедями. Власти предупредили ее: «Бабка, кончай проповедовать, а то иначе посадим». Но не послушалась их Евфросиния. Наконец зимой 1927 года пришли ее арестовывать. Она надела кожух, а о втором кожухе говорит парню, которому было поручено ее арестовать:
— Ты бери два кожуха.
— Да зачем мне? — сказал он.
— Да тебе еще придется меня обратно везти.
— Бабка, много ты знаешь, — надменно ответил он и не взял кожух.
После допроса Евфросинию Романовну отпустили домой, и тот же парень повез ее в село Константиновку.
Скончалась она в родном селе в своем доме в 1929 году.
Когда Степану исполнилось девять лет, родители отдали его в церковноприходскую школу, в которой он проучился три года, после чего поступил в училище при Григорие-Бизюковом монастыре, где он учился два года. В это время настоятелем монастыря был архиепископ Таврический Димитрий (Абашидзе) и монастырь славился благочестием иноков и миссионерами. Обучение в церковноприходской школе и, в особенности, жизнь в Григорие-Бизюковом монастыре оказали на Степана благотворное влияние и сказались потом на всей его жизни.
В феврале 1917 года Степан был мобилизован в действующую армию. После трех месяцев обучения в городе Екатеринославле он был направлен на Румынский фронт. В июле 1917 года немцы, пользуясь происшедшей в России революцией и связанной с ней дезорганизацией армии, перешли на Румынском фронте в наступление, в результате которого части 134-го Феодосийского полка, где служил Степан Наливайко, попали в плен. Находясь в плену, Степан около двух месяцев работал в прифронтовой полосе, а затем был отправлен немцами подневольным рабочим в концлагерь «Ламсдорф», где пробыл до января 1918 года, когда администрация лагеря отправила его на гражданские работы в поселок.
К тому времени Украина по Брест-Литовскому договору отошла к Германии и была занята германскими войсками. Мать Степана, Евфросиния Романовна, обратилась к оккупационным властям с просьбой разрешить вернуться их сыну из плена домой. Осенью 1918 года разрешение было получено и Степан снова был заключен в концлагерь «Ламсдорф», на этот раз для отправки на родину. Но отправить его не успели, так как в самой Германии произошла революция, и в связи с нею условия содержания в концлагере военнопленных настолько ухудшились, что им стала грозить голодная смерть. И Степан бежал из концлагеря. Домой в Россию ему пришлось идти пешком днем и ночью, дорогой перенося голод и холод. Так он прошел часть Германии, Австрии, Венгрии, переправился через Российскую границу, добрался до Херсона и, наконец, пришел в свой уездный город Алёшки, где получил документы, свидетельствующие, что он солдат, вернувшийся из плена домой. В родной дом Степан пришел за четыре дня до Рождества Христова. Он устроился в храм псаломщиком и работал в своем, до крайности бедном по тем местам, хозяйстве.
Отец к тому времени состарился, мать была тяжело больна, за ней некому было ухаживать, и Степан ради этого решил жениться. Девушку взял круглую сироту из того же села, Харитину Дмитриевну Севастьянову. Через год у них родилась дочь Раиса.
В это время скончался патриарший архидиакон Константин Розов. Отпевание и похороны были назначены на 3 июня в три часа дня на Ваганьковском кладбище. Народу собралось множество. Когда гроб с почившим был внесен в церковь, двери храма закрыли, и к ожидавшей толпе вышел священник и сообщил, что похороны архидиакона переносятся на утро следующего дня ввиду того, что не успели приготовить могилу и не прибыли ближайшие родственники.
Люди еще не разошлись, когда на возвышение взошел Степан и сказал проникновенное слово о почившем архидиаконе, а затем, обращаясь к народу, прибавил:
— Время сейчас очень трудное, тяжелое, но это время избавления народа от греха, поэтому, прошу вас — не забывайте Бога. Крестите детей. Не живите невенчаными. А главное, живите по совести. Настанет время, когда православные христиане воспрянут, Бог этих богоненавистников свергнет.
Во время его речи милиция попыталась пробраться к кафедре, чтобы арестовать проповедника, но народ стоял стеной и не допускал. Тогда был вызван наряд милиции, Степан был арестован и на пролетке отвезен в отделение милиции. Дорогой милиционер спросил Степана, из какой он губернии. Степан ответил:
— Губернии все мои.
— Как ваше имя и сколько вам лет? — спросил милиционер.
— Мне двадцать четыре года. Фамилия моя Наливайко Стефан Пименович.
— Где ваши документы? — спросил милиционер.
Степан расстегнул на груди рубашку и, показывая на тяжелый оловянный крест, сказал:
— Вот мои документы. Больше у меня нет ничего.
В отделении милиции он отказался отвечать на вопросы и был отвезен в ГПУ. Здесь ему предложили заполнить анкету. Степан на вопрос, к какому он принадлежит государству, написал: «Новому Иерусалиму». И для неосведомленного следователя пояснил: «Сходящему с небес». На вопрос о профессии написал: «Жнец». О работе: «Свидетель слова Божия, проповедник». На вопросы, где работал, на какие средства жил и владел ли каким недвижимым имуществом, написал: «По воле Иисуса Христа, всем тем, что подавал Иисус Христос». На вопрос о воинском звании, ответил: «Воин Иисуса Христа».
В тюрьме ГПУ Степан первое время сидел в общей камере, его присутствие здесь было большим утешением для узников. Он сразу сказал, что хотя и арестован за агитацию против советской власти, но и теперь, лишенный свободы, не боится открыто говорить следователям правду. Основание советской власти воздвигнуто на песке. Не бойтесь и не тоскуйте, время избавления близко. Его присутствие так подействовало на узников, что они воспрянули духом и исчез страх, мертвящий душу и парализующий разум.
В середине июня Степана перевели из тюрьмы ГПУ в общую камеру Бутырской тюрьмы.
26 октября 1923 года Комиссия НКВД по административным высылкам приговорила Степана «к заключению в Соловецкий концлагерь сроком на три года».
В лагере ему пришлось нелегко: он заболел цингой и у него отнялись ноги. Узнав о тяжелом положении Степана, его мать, Евфросиния Романовна, незамедлительно отправилась к нему в Соловецкий лагерь на свидание. С собою она взяла белье и продукты. Состояние здоровья Степана было критическим — на свидание его вынесли на носилках. На время свидания сыну и матери выделили отдельную комнату, где они пробыли несколько дней.
Через три года, по окончании срока, представители ОГПУ вызвали его и спросили:
— Ну как, вы изменили свои убеждения?
— Нет, не изменил.
— Тогда получите еще три года ссылки.
Ссылку он отбывал в Казахстане, в городе Туркестане.
В августе 1934 года Степана привлекли к ответственности за непосад своего хлеба на площади одного гектара и осудили на пять лет исправительно-трудовых лагерей. Он написал жалобу, дело было пересмотрено, и он, не доехав до концлагеря, был освобожден и вернулся домой. Однако преследования не прекратились. Власти стали требовать от него уплаты то одних налогов, то других. Отобрали бычка, корову, лошадь, из живности остались одни только куры, но уплаты налогов требовали как с полного хозяйства — и молоком, и мясом, и шкурами. И не стало ему чем платить. В апреле 1935 года состоялся суд над Степаном. Судья Куропаткин приговорил Степана к трем годам исправительно-трудовых лагерей и к двум годам поражения в правах. Степана посадили в тюрьму, где он пробыл до февраля 1937 года, а затем был отправлен этапом во Владивосток.
7 апреля 1941 года Особое Совещание приговорило Степана Пименовича к пяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь. Перед отправкой в лагерь ему дали свидание с дочерью. И отец сказал ей, что в гостях тогда у отца Николая был не брат, а начальник следственной части НКВД, и сам отец Николай является сотрудником НКВД. Всё, в чем обвинили его, — выдумка, но поскольку решение о его деле выносило Особое Совещание, то никто не стал проверять, кто и что там говорил. Осудили его за то, что он был судим раньше.
Степана Пименовича отправили в исправительно-трудовой лагерь в Норильск. С началом Великой Отечественной войны переписка между ним и родными прекратилась. Только в начале 1945 года они получили от него первое после перерыва письмо: «До окончания моего срока остается три месяца. Даст Бог, и нам придется еще пожить вместе».
Родные послали ему письмо, деньги, посылку, но ответа уже не пришло. Через некоторое время Раиса Степановна написала в управление Гулага, откуда ей ответили, что Степан Пименович Наливайко умер 12 февраля 1945 года. От голода.
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
