Преподобный Стефан Комельский родился во второй половине 15 века в земле Вологодской от благочестивых родителей. Отец его служил при княжеском дворе и старался дать сыну лучшее тогда образование и воспитание. Он готовил в нем преемника себе и слугу князьям. Такая жизнь не казалась юноше завидной.
В то время славилась подвигами обитель Дионисия Глушицкого. Стефан оставляет родительский дом, друзей и родных и идет в Глушицы. Смиренно он просит настоятеля и братию принять его. Настоятель был тронут просьбами юноши и принял его сначала в число послушников, затем, видя его труды, постриг в монашество с именем Стефан и поручил опытному старцу для руководства в духовной жизни. Новый инок старался во всем подражать своему наставнику, проводя дни в монастырских трудах, а ночи в молитве. Он все более и более возрастал в духовной жизни.
По прошествии нескольких лет в Глушицах, для большего усовершенствования в духовной жизни, Стефан с благословения настоятеля монастыря и старца-руководителя отправился странствовать по северным пустыням и монастырям. Он дошел до Тихвины и остановился здесь на жительство, радуясь тому, что ежедневно поклоняется чудотворной иконе Божией Матери. Однако ежедневные толпы людей нарушали безмолвие монастыря и Стефан вернулся в Вологодские пределы.
Переходя с места на место, он достиг озера Комельского, которое было окружено со всех сторон болотами. Ему понравилось это безмолвное место, он решил остаться здесь навсегда. Поставив себе келью на восточном берегу озера при истоке реки Комелы и соорудив небольшую часовню, в которой находились две иконы, принесенные иноком из Тихвинского монастыря – Божией Матери и Николая Чудотворца, он стал подвизаться в посте и молитве. Очень трудно пришлось Стефану в Комельском лесу в первые годы, так как запасы хлеба заканчивались. Спустя более двух лет, случайно его нашли два зверолова и разделили с ним свои дорожные запасы. После того звероловы стали посещать инока чаще, а от них узнали об отшельнике и другие.
Спустя три года одинокого пребывания в пустыне, пришли к Стефану два брата делить труды пустынножительства. Иноки просили старца построить храм для молитвы, тогда с одним из них он отправляется в Москву с целью испросить благословения у митрополита. Митрополит Даниил с любовью принял старца, о котором он уже прежде слышал, поместил его в своей келье, а затем представил князю Василию Иоанновичу. Великий князь очень уважал иноков вологодских обителей, которые он посетил почти все в 1528 году, испрашивая у Бога наследника. После бесед с митрополитом и князем пустынник был рукоположен в священнический сан и поставлен игуменом новой обители.
Прибывши на озеро, Стефан, прежде всего, направился к часовне и сам отслужил первый благодарственный молебен Богоматери и святителю Николаю. Братья с радостью встречали своего игумена и просили у него благословения. Через несколько дней приступили иноки к построению храма, который скоро был создан. В 1534 году церковь была освящена во имя святителя Николая.
После освящения церкви преподобный Стефан еще 8 лет подвизался в устроенной им обители. Блаженный старец был милостив ко всем, но строг к самому себе. Он казался в обители послушником, нежели игуменом, старался служить каждому.
Скончался преподобный Стефан 12 июня 1542 года. В этом же году после его смерти обитель была разорена татарами. После ее возобновления новая церковь была построена над могилой преподобного.
