Saint Jean était le rejeton d'une illustre famille d'Amathonte en Chypre. Sous la pression de ses parents, il se maria et eut plusieurs enfants qui, par la volonté de Dieu, moururent en bas âge, en même temps que son épouse. Voyant dans cette douloureuse privation l'occasion de se libérer de tous les soucis du monde, il se consacra complètement à Dieu. En 610, il fut consacré Patriarche de l'Eglise d'Alexandrie, sous le nom de Jean V. Le jour même, il réunit tout le Clergé et tout le personnel de la riche Métropole d'Egypte et les envoya faire le recensement exact de ceux qu'il appelait ses maîtres: c'est à dire les pauvres et les mendiants que Dieu place auprès de nous pour que nous gagnions le Royaume des Cieux en leur faisant l'aumône. Comme on en avait trouvé plus de 7 500, il commanda qu'on leur donne chaque jour la nourriture et le couvert qui leur étaient nécessaires. Il disait souvent à Dieu dans sa prière : « Nous verrons bien, Seigneur, lequel de nous deux sera victorieux dans ce combat : ou Toi en me faisant toujours du bien, ou moi, en ne cessant pas de le distribuer aux pauvres. Car je reconnais n'avoir rien que je ne tienne de Ta miséricorde.et que c'est elle qui soutient ma vie ». De fait, la miséricorde du Saint à l'égard des pauvres était inépuisable ; ses aumônes étaient abondantes comme les eaux du Nil qui couvrent périodiquement les terres d'Egypte pour les rendre fertiles. C'est pourquoi il reçut le surnom de Miséricordieux, à l'image du Christ, son maître, qui est la source de toute miséricorde. Il ne pouvait pas voir un pauvre ou un affligé s'approcher de lui sans pleurer abondamment et sans prendre sur lui sa peine. Il donnait sans compter, en puisant dans le trésor de l'Eglise. Comme le Christ l'a enseigné (Lue 6:35), il donnait sans faire aucune distinction entre les bons et les méchants, les dignes ou les indignes. Un jour, un pauvre qui avait déjà reçu de lui l'aumône, se présenta trois autres fois au Saint, en se camouflant sous des déguisements différents. Comme on le faisait remarquer à Jean, celui-ci ordonna qu'on lui donne le double, en disant : « C'est peut-être Jésus, mon Sauveur, qui vient à dessein de me tenter ? » Or, plus il répandait l'aumône, sans se soucier de la quantité ou de ce que sera le lendemain, plus Dieu multipliait les donations adressées à l'Eglise ; si bien que le peuple était confirmé dans cette promesse du Sauveur : « Ne vous inquiétez pas pour votre existence de ce que vous aurez à manger ou de ce que vous aurez à boire, ni pour votre corps de ce que vous aurez pour vêtement ( ... ) Cherchez en premier lieu le Royaume de Dieu et Sa justice et tout cela vous sera donné en plus» (Mat. 6). Un des Clercs chargé des aumônes (nommés aumôniers) n'avait donné à un riche dans le besoin qu'un tiers de la véritable fortune que le Saint lui avait ordonnée de distribuer, jugeant qu'il était irraisonnable de vider le trésor pour un seul. Mais il se vit confondu par Jean qui lui révéla qu'une noble femme, ayant résolu de faire une importante donation à l'Eglise, n'avait finalement donné que le tiers de la somme prévue.
Lorsqu'en 614, les Perses envahirent la province de Syrie et prirent de manière sanglante la ville de Jérusalem, un grand nombre de réfugiés afflua vers Alexandrie. Saint Jean les reçut comme ses frères, les consola, fit construire des hôpitaux et de grandes hôtelleries, et épuisa toutes les ressources de l'Eglise pour les nourrir et leur donner quelque argent. En même temps, il fit envoyer en Palestine des navires chargés de grains et de vivres, et des ouvriers pour reconstruire les églises détruites. Lui même visitait les malades et les nécessiteux, et leur montrait en sa personne un reflet de la présence du Christ. Lorsqu'on voulait le remercier de ses bienfaits, il interrompait soudain son interlocuteur en disant : « Tais-toi, mon frère, car je n'ai pas encore répandu mon sang pour toi, ainsi que le Seigneur le demande ! » Tous les mercredis et les samedis, il se tenait à la porte de son église et attendait qu'on vienne s'adresser à lui, pour trancher les différends et réconcilier les ennemis. Jamais on ne l'entendait prononcer une parole vaine ou condamner qui que ce soit, même devant les preuves les plus évidentes du péché. Il ne voyait en effet que le bien ou les bonnes intentions, supposait que ces pécheurs avaient fait pénitence en secret et se gardait bien de s'approprier le jugement qui appartient à Dieu seul. Il remerciait ceux qui le calomniaient ou l'injuriaient pour lui avoir rappelé ses péchés, et leur faisait donner de plus grandes aumônes qu'aux autres. Pour corriger les pécheurs, les orgueilleux ou les durs de cœur, le Saint Patriarche s'adressait toujours à eux en s'attribuant les péchés qu'il voulait reprendre et en leur demandant de prier pour qu'il s'en repente. Il exhortait avec patience ses fidèles à l'humilité et au repentir, en leur rappelant les merveilles que Dieu a faites pour nous en créant le monde, en envoyant son propre Fils pour nous sauver et en prenant patience devant nos innombrables fautes. Mais plus que par la parole, il préférait transmettre l'Enseignement de la Sainte Ecriture par ses propres actes, comme les Prophètes. Ainsi, un dimanche, alors qu'il célébrait la Divine Liturgie dans la cathédrale, entouré de son Clergé et de tout le peuple, le Patriarche s'arrêta soudain avant de prononcer les paroles de la consécration, il demanda au Diacre de répéter les litanies et envoya chercher un des Clercs de son Eglise, qui lui portait rancune et ne s'était pas présenté à l'église. Lorsque ce dernier arriva, l'Evêque se prosterna devant lui avec larmes et lui demanda pardon. Ce n'est qu'après s'être réconcilié avec lui et l'avoir embrassé, qu'il remonta à l'Autel et continua la célébration, ayant appliqué à la lettre le précepte du Seigneur (Mat. 5:23).
Bien qu'il ait été marié, Saint Jean aimait les moines et les dépassait dans l'austérité de la vie. Il avait réuni près de sa cathédrale deux communautés monastiques et se chargeait de leur entretien. En échange, il leur avait demandé de prier pour lui et pour l'Eglise pendant les Offices qu'ils célébraient, et de prier pour leur propre salut tout le reste du temps dans leurs cellules, dégagés de tout souci grâce à la sollicitude du Patriarche. Il habitait un riche palais, mais ne possédait rien en propre. Sa cellule était dépourvue de tout confort; c'est pourquoi un notable de la ville lui offrit un jour une luxueuse couverture. La nuit suivante, le Saint ne put trouver le repos et ne cessait de se condamner en pensant que tant de pauvres souffraient du froid et de la faim à sa porte, alors que lui s'entourait d'un tel luxe. Le lendemain, il la fit vendre et en distribua le produit. Or, son bienfaiteur vint à retrouver son cadeau à l'étalage du marchand. Il la racheta et contraignit Jean à l'accepter. Mais celui-ci la vendit à nouveau pour faire l'aumône. Comme ni l'un ni l'autre ne voulait céder, l'objet circula ainsi un grand nombre de fois entre leurs mains; et ce fut pour Jean l'occasion de contraindre indirectement ce riche à distribuer une grande fortune aux indigents.
Sa charité et son extrême humilité ne l'empêchaient pas cependant de se montrer ferme à l'égard des hérétiques monophysites. Il les aimait et répandait pour eux ses bienfaits, mais il restait strict pour condamner leurs erreurs et interdire aux Orthodoxes toute participation à leur culte et à leurs prières.
Lorsque la famine et les épidémies ravagèrent la ville, le Saint se montra le premier à assister les malades et à enterrer les morts. Il exhortait ses fidèles à prier assidûment pour les défunts et prenait occasion de ces malheurs pour leur rappeler la fragilité de notre vie et l'urgence qu'il y a à faire pénitence. Quelques années après la prise de Jérusalem, Alexandrie fut à son tour menacée par les Perses. C'est pourquoi, à la demande du gouverneur d'Egypte Nicétas, Jean retourna à Chypre, où il mourut à l'âge de 64 ans (en 619), en rendant grâces à Dieu de ne rien lui avoir laissé des si grandes richesses dont il avait été constitué l'intendant au profit des pauvres. Un peu avant son trépas, il vit lui apparaître la même noble vierge qu'il avait déjà vue à l'âge de quinze ans, et qui lui avait dit alors être la Miséricorde en personne qui a incité le Christ à s'incarner pour notre salut; et lui avait promis de lui ouvrir le Royaume des Cieux. Quelque temps après sa mort, une huile parfumée (myron) coula du corps du Saint Hiérarque pour la joie et la consolation des fidèles.
