Преподобный Аполлоний был сыном благочестивых родителей Аиси и Амани. По одной версии у него был старший брат, монах, умерший до его рождения, который являлся ему во сне ; по другим данным его родители были бездетными до рождения Аполлония.
Пятнадцатилетним юношей он удалился во внутреннюю Фиваидскую пустыню, Нижний Египет, вместе со своим родственником Абибом. После 14 лет отшельнической жизни преподобный Аполлоний сподобился Божественного Откровения:
«Аполлоний, чрез тебя Я погублю премудрость премудрых в Египте и разум разумных отвергну. Ты ниспровергнешь тех, кто слывет мудрецами Вавилонскими, и всякое идолослужение. Ступай в места населенные: от тебя произойдет Мне народ, воистину и во всей полноте ревнующий о благе».
По внушению свыше, во времена Юлиана Отступника, преподобный перешел в ближнюю пустыню, и, близ Ермополя, основал обитель, в которой постепенно собралось около пятисот иноков. Братия монастыря до вкушения пищи причащалась Святых Таин, затем до вечера поучалась в Священном Писании, а после заката солнца, вкусив пищи, одни удалялись в пустыню, «предаваясь во мраке ночи Богомыслию и размышлению о слове Божием», другие оставались в обители. Часто иноки этого монастыря вкушали пищу один раз в день. Аполлоний порицал тех, кто придерживался суровых форм аскезы: не стриг волос или носил вериги, - видя в этом проявление тщеславия. При этом сам преподобный был строгим постником, вкушал вареную пищу только по воскресеньям, а в остальные дни питался только дикими растениями.
Однажды одного из иноков насильно рекрутировали на военную службу и заперли в темнице. Аполлоний вместе с другими монахами посетил его в заключении, утешил и посоветовал сохранять твердость. Сотник, узнав про это, сильно разгневался и заключил преподобного со спутниками в тюрьму, приставив многочисленную стражу. Однако в полночь явился ангел Господень, отверз двери темницы и монахи беспрепятственно покинули ее.
В окрестностях монастыря было расположено около десяти языческих поселений. Однажды преподобный оказался свидетелем языческого ритуала: жрецы в сопровождении толпы обносили идола по окрестным селениям, «неистовствуя наподобие вакханок». По молитвам преподобного участники идолослужения остановились и не смогли далее продолжить шествие. Узнав о причине случившегося, многие последовали за Аполлонием, а идол был сожжен. После этого случая многие язычники стали христианами, а некоторые даже остались в монастыре. Скоро в окрестностях обители почти не осталось язычников.
Когда между двумя деревнями близ обители пошли раздоры из-за границ, преподобному удалось обратить в Христову веру разбойника, который, вероятно, был зачинщиком ссоры, и восстановить мир. В другом случае Аполлоний сумел предотвратить кровопролитие между христианской и языческой деревнями, наказав предводителя язычников страшной смертью. Когда в Фиваиде случился голод, Аполлоний снабжал продуктами жителей окрестностей.
Вероятно преподобный Аполлоний скончался около 395 года в весьма преклонном возрасте.
Сведения о святом преподобном Аполлонии были записаны в «Истории монахов», автор которой, вместе со своими спутниками, посетил преподобного незадолго до его кончины и прожил в его монастыре около недели. Сведения о нем также вошли также в «Церковную историю» Созомена, который называет автором жития преподобного предстоятеля Александрийской Церкви Тимофея. В Коптской Церкви сохранились древние свидетельства об Аполлонии в описании путешествия аввы Павла из Антинои по египетским монастырям , а также в арабо-яковитском синаксаре. Этот синаксарь под 5 эмшира (30 января) называет Аполлония «равноангельским». Коптская Церковь также совершает его память 25 паопе (22 октября).
Раскопки на месте основанного преподобным Аполлонием монастыря Бауит открыли иконографию преподобного, который часто изображается вместе с Фибом - возможно последний одно лицо с Абибом, родственником и сподвижником Аполлония.
Православные календари Восточной Римской империи указывают его память 31 марта. Грекоязычное житие представляет собой переработку повествования о преподобном из «Истории монахов». Краткое житие преподобного Аполлония вошло в списки нестишного Пролога 2-й редакции, составленной на Руси не позднее конца XII века, и помещено в Великих Минеях Четьих. Почитание святого Аполлония также существует и в римо-католицизме, где его память совершается 25 января.
